More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A1401 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.96 
 
 
534 aa  670    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  67.7 
 
 
523 aa  701    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.02 
 
 
522 aa  733    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  94.89 
 
 
528 aa  1071    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  68.08 
 
 
522 aa  744    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.79 
 
 
523 aa  745    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.54 
 
 
522 aa  714    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  71.1 
 
 
522 aa  787    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  86.48 
 
 
527 aa  975    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  100 
 
 
528 aa  1108    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.71 
 
 
522 aa  780    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.55 
 
 
526 aa  681    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.71 
 
 
522 aa  780    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.15 
 
 
522 aa  791    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  65.38 
 
 
522 aa  718    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.89 
 
 
527 aa  592  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  55.03 
 
 
528 aa  572  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 
518 aa  525  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.27 
 
 
553 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.02 
 
 
553 aa  254  4.0000000000000004e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.6 
 
 
547 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.89 
 
 
556 aa  248  2e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.89 
 
 
556 aa  246  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.36 
 
 
547 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.64 
 
 
526 aa  244  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.83 
 
 
526 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.86 
 
 
556 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.45 
 
 
548 aa  237  4e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  36.21 
 
 
547 aa  236  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.08 
 
 
515 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.05 
 
 
548 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  35.89 
 
 
563 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  35.89 
 
 
563 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  35.89 
 
 
563 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.55 
 
 
573 aa  232  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.41 
 
 
573 aa  225  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.21 
 
 
550 aa  219  1e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.82 
 
 
565 aa  203  7e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.3 
 
 
565 aa  202  9e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.36 
 
 
563 aa  201  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  30.03 
 
 
573 aa  201  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.74 
 
 
572 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.98 
 
 
572 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.1 
 
 
566 aa  196  6e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.12 
 
 
579 aa  196  9e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  28.06 
 
 
565 aa  196  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 
567 aa  195  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.59 
 
 
563 aa  194  4e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.57 
 
 
561 aa  192  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.3 
 
 
573 aa  189  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.2 
 
 
545 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.03 
 
 
549 aa  184  4.0000000000000006e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  29.73 
 
 
549 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.14 
 
 
579 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 
582 aa  178  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 
569 aa  177  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.18 
 
 
566 aa  176  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.53 
 
 
531 aa  176  9.999999999999999e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.25 
 
 
533 aa  175  1.9999999999999998e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  28.21 
 
 
549 aa  175  1.9999999999999998e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.81 
 
 
538 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  27.75 
 
 
558 aa  171  3e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.54 
 
 
578 aa  170  6e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.3 
 
 
574 aa  169  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.78 
 
 
562 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  28.31 
 
 
551 aa  169  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.75 
 
 
589 aa  169  2e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.89 
 
 
573 aa  167  4e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 
570 aa  167  5e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  27.02 
 
 
570 aa  167  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.7 
 
 
545 aa  167  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.03 
 
 
581 aa  166  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.89 
 
 
573 aa  166  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.08 
 
 
578 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.39 
 
 
579 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.31 
 
 
570 aa  163  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.76 
 
 
572 aa  162  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.26 
 
 
755 aa  162  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.78 
 
 
573 aa  161  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.17 
 
 
545 aa  160  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.85 
 
 
533 aa  160  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 
559 aa  160  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.55 
 
 
570 aa  160  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  26.09 
 
 
561 aa  160  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.18 
 
 
570 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 
570 aa  159  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.67 
 
 
539 aa  158  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.8 
 
 
561 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.47 
 
 
539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.47 
 
 
539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.47 
 
 
539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.8 
 
 
594 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 
560 aa  154  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  27 
 
 
594 aa  154  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.49 
 
 
563 aa  152  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.29 
 
 
544 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.67 
 
 
533 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.53 
 
 
561 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  25.75 
 
 
573 aa  152  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.67 
 
 
533 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>