More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6389 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  80.93 
 
 		 563 aa  882    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.37 
 
 		 548 aa  879    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.88 
 
 		 556 aa  852    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  80.93 
 
 		 563 aa  883    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  80.93 
 
 		 563 aa  882    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.29 
 
 		 573 aa  860    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  76.37 
 
 		 573 aa  848    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 547 aa  1132    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  88.48 
 
 		 547 aa  981    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.01 
 
 		 548 aa  865    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.29 
 
 		 556 aa  855    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79.04 
 
 		 526 aa  827    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  85.37 
 
 		 547 aa  954    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.75 
 
 		 553 aa  430  1e-119  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.91 
 
 		 556 aa  414  1e-114  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.4 
 
 		 526 aa  398  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.76 
 
 		 515 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.11 
 
 		 527 aa  295  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.52 
 
 		 522 aa  284  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  38.02 
 
 		 528 aa  283  6.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.06 
 
 		 526 aa  280  7e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.98 
 
 		 527 aa  277  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  36.42 
 
 		 522 aa  272  1e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  36.36 
 
 		 528 aa  266  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.05 
 
 		 528 aa  262  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.29 
 
 		 522 aa  259  8e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.47 
 
 		 522 aa  259  9e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.47 
 
 		 522 aa  259  9e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  36.96 
 
 		 523 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.05 
 
 		 522 aa  257  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.05 
 
 		 518 aa  253  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.04 
 
 		 534 aa  251  2e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  36.26 
 
 		 522 aa  251  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.18 
 
 		 523 aa  248  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.67 
 
 		 522 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.91 
 
 		 553 aa  238  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.32 
 
 		 550 aa  223  7e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.76 
 
 		 531 aa  219  7.999999999999999e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.45 
 
 		 545 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.32 
 
 		 525 aa  213  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.08 
 
 		 533 aa  206  6e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  31.81 
 
 		 573 aa  202  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.61 
 
 		 545 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  30.84 
 
 		 549 aa  197  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 		 539 aa  193  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.28 
 
 		 539 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.28 
 
 		 539 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.28 
 
 		 539 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.07 
 
 		 536 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.92 
 
 		 563 aa  190  5e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.36 
 
 		 540 aa  189  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  29.33 
 
 		 539 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.62 
 
 		 561 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.96 
 
 		 572 aa  184  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.6 
 
 		 544 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 		 539 aa  179  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.82 
 
 		 539 aa  179  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.68 
 
 		 533 aa  177  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.87 
 
 		 539 aa  177  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.48 
 
 		 549 aa  176  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.82 
 
 		 539 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.31 
 
 		 538 aa  175  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 		 533 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 		 533 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  29.52 
 
 		 549 aa  174  2.9999999999999996e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.14 
 
 		 578 aa  174  5e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.3 
 
 		 581 aa  172  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.75 
 
 		 533 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.67 
 
 		 579 aa  171  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.95 
 
 		 584 aa  167  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  27.42 
 
 		 537 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  28.39 
 
 		 537 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  28.39 
 
 		 537 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  28.39 
 
 		 537 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  28.39 
 
 		 537 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  28.39 
 
 		 537 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  28.39 
 
 		 537 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  28.39 
 
 		 537 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.7 
 
 		 545 aa  162  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.49 
 
 		 755 aa  162  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  28.44 
 
 		 551 aa  162  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.54 
 
 		 511 aa  159  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 		 579 aa  157  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.96 
 
 		 552 aa  154  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 		 572 aa  153  7e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 		 565 aa  153  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.97 
 
 		 534 aa  152  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.06 
 
 		 567 aa  151  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.3 
 
 		 592 aa  150  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.22 
 
 		 563 aa  149  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.68 
 
 		 545 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.12 
 
 		 572 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.42 
 
 		 570 aa  146  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.36 
 
 		 550 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  27.64 
 
 		 561 aa  144  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.67 
 
 		 566 aa  143  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  26.76 
 
 		 573 aa  143  9e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.22 
 
 		 566 aa  143  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  26.99 
 
 		 574 aa  143  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.58 
 
 		 565 aa  142  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>