More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1033 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.42 
 
 
572 aa  639    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  100 
 
 
574 aa  1211    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.05 
 
 
573 aa  639    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.27 
 
 
572 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 
570 aa  580  1e-164  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.5 
 
 
567 aa  578  1e-164  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.68 
 
 
574 aa  575  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 
570 aa  572  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.18 
 
 
566 aa  566  1e-160  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.07 
 
 
563 aa  566  1e-160  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.73 
 
 
565 aa  561  1.0000000000000001e-159  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.44 
 
 
562 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 
573 aa  559  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.8 
 
 
569 aa  560  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  50.44 
 
 
565 aa  561  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.89 
 
 
570 aa  550  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.19 
 
 
570 aa  546  1e-154  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.24 
 
 
570 aa  538  9.999999999999999e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.39 
 
 
561 aa  536  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.33 
 
 
566 aa  530  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.58 
 
 
560 aa  530  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.64 
 
 
582 aa  527  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47 
 
 
569 aa  526  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  46.99 
 
 
558 aa  528  1e-148  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.44 
 
 
561 aa  524  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  46.72 
 
 
573 aa  521  1e-146  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  47.86 
 
 
570 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.13 
 
 
579 aa  515  1.0000000000000001e-145  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.97 
 
 
563 aa  514  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  45.41 
 
 
561 aa  511  1e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.94 
 
 
559 aa  495  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.66 
 
 
578 aa  282  1e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.67 
 
 
579 aa  276  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.78 
 
 
579 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32 
 
 
581 aa  268  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.83 
 
 
584 aa  262  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  29.65 
 
 
550 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.61 
 
 
578 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.91 
 
 
565 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.5 
 
 
546 aa  235  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.16 
 
 
551 aa  229  8e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.56 
 
 
546 aa  222  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.66 
 
 
549 aa  220  6e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.58 
 
 
546 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.66 
 
 
547 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.49 
 
 
547 aa  213  7.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.86 
 
 
546 aa  211  4e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  29.66 
 
 
551 aa  207  5e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  29.38 
 
 
547 aa  201  3.9999999999999996e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.97 
 
 
527 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.32 
 
 
522 aa  190  5e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.9 
 
 
553 aa  187  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.46 
 
 
522 aa  177  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.79 
 
 
553 aa  177  6e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.3 
 
 
522 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.3 
 
 
522 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.57 
 
 
528 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 
527 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.25 
 
 
522 aa  169  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.22 
 
 
522 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.7 
 
 
589 aa  164  5.0000000000000005e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.38 
 
 
573 aa  164  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.16 
 
 
522 aa  161  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.81 
 
 
522 aa  156  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.09 
 
 
526 aa  155  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.09 
 
 
528 aa  153  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.12 
 
 
561 aa  151  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.56 
 
 
526 aa  150  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 
538 aa  151  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.57 
 
 
548 aa  150  7e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.13 
 
 
523 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.87 
 
 
528 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27.21 
 
 
547 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.92 
 
 
573 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.35 
 
 
573 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.59 
 
 
518 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.34 
 
 
551 aa  144  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.95 
 
 
547 aa  144  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.52 
 
 
511 aa  143  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.83 
 
 
545 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.78 
 
 
549 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.63 
 
 
547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.37 
 
 
563 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.53 
 
 
548 aa  141  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.03 
 
 
556 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  25.37 
 
 
591 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.99 
 
 
550 aa  138  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 
573 aa  136  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.37 
 
 
526 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 
556 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.91 
 
 
515 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.89 
 
 
572 aa  135  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.41 
 
 
531 aa  134  5e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  25.48 
 
 
523 aa  134  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  24.32 
 
 
539 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 
539 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  25.4 
 
 
549 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 
548 aa  130  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.21 
 
 
534 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.99 
 
 
536 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>