More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2120 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62 
 
 
534 aa  696    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.87 
 
 
527 aa  793    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
522 aa  1095    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.54 
 
 
522 aa  760    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  81.61 
 
 
522 aa  922    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  69.23 
 
 
523 aa  743    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.77 
 
 
522 aa  750    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  70.71 
 
 
528 aa  780    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.71 
 
 
528 aa  780    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
522 aa  1095    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  71.65 
 
 
522 aa  775    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.11 
 
 
522 aa  773    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  67.24 
 
 
526 aa  723    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.79 
 
 
523 aa  786    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.16 
 
 
522 aa  888    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.92 
 
 
527 aa  619  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  55.51 
 
 
528 aa  594  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.9 
 
 
518 aa  506  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.14 
 
 
553 aa  275  2.0000000000000002e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.02 
 
 
553 aa  270  4e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.63 
 
 
526 aa  244  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.56 
 
 
556 aa  240  4e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.24 
 
 
547 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.9 
 
 
550 aa  239  5.999999999999999e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  35.83 
 
 
547 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.97 
 
 
547 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.19 
 
 
548 aa  228  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.18 
 
 
545 aa  225  1e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.26 
 
 
515 aa  223  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.65 
 
 
573 aa  223  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.05 
 
 
556 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.05 
 
 
526 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34 
 
 
573 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.67 
 
 
565 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.18 
 
 
556 aa  217  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.53 
 
 
548 aa  216  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.07 
 
 
531 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  34.66 
 
 
563 aa  211  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  34.66 
 
 
563 aa  211  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  34.66 
 
 
563 aa  210  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.4 
 
 
533 aa  209  8e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  30.84 
 
 
573 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.16 
 
 
572 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.71 
 
 
566 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.79 
 
 
573 aa  197  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.81 
 
 
566 aa  195  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.47 
 
 
563 aa  194  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.6 
 
 
549 aa  194  4e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.45 
 
 
572 aa  192  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.28 
 
 
563 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.24 
 
 
565 aa  192  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.95 
 
 
567 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  28.52 
 
 
551 aa  191  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.12 
 
 
545 aa  190  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.9 
 
 
561 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.57 
 
 
545 aa  188  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.82 
 
 
579 aa  188  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  27.21 
 
 
565 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  29.57 
 
 
573 aa  185  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.3 
 
 
534 aa  185  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.43 
 
 
569 aa  184  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.55 
 
 
538 aa  184  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  29.21 
 
 
573 aa  183  8.000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 
579 aa  182  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  29.27 
 
 
549 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  28.55 
 
 
570 aa  179  9e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.58 
 
 
533 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 
533 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.83 
 
 
755 aa  178  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 
533 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.03 
 
 
539 aa  176  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
539 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
539 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
539 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.87 
 
 
574 aa  176  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.53 
 
 
559 aa  175  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.57 
 
 
570 aa  175  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 
569 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.02 
 
 
533 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.9 
 
 
578 aa  171  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  28.21 
 
 
561 aa  171  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.56 
 
 
573 aa  171  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.83 
 
 
561 aa  170  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  26.56 
 
 
558 aa  169  9e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  29.24 
 
 
594 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 
536 aa  169  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.15 
 
 
540 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.99 
 
 
581 aa  168  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.92 
 
 
570 aa  167  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.92 
 
 
544 aa  167  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  26.3 
 
 
574 aa  167  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.26 
 
 
561 aa  166  6.9999999999999995e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  29.24 
 
 
594 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.16 
 
 
539 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.36 
 
 
562 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  30.56 
 
 
596 aa  166  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  29.07 
 
 
594 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.29 
 
 
591 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.58 
 
 
539 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.62 
 
 
539 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>