More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2790 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
578 aa  1187    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.13 
 
 
578 aa  656    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.82 
 
 
579 aa  692    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.79 
 
 
581 aa  695    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.79 
 
 
584 aa  678    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.83 
 
 
579 aa  734    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.66 
 
 
565 aa  514  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.21 
 
 
573 aa  353  5.9999999999999994e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.37 
 
 
572 aa  342  1e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.39 
 
 
562 aa  296  9e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  33.28 
 
 
574 aa  285  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.6 
 
 
565 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.5 
 
 
566 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  32.33 
 
 
561 aa  276  7e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 
582 aa  275  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.55 
 
 
572 aa  272  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.16 
 
 
567 aa  272  2e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.84 
 
 
574 aa  271  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.34 
 
 
563 aa  271  2.9999999999999997e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.05 
 
 
561 aa  270  5e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.83 
 
 
570 aa  270  5.9999999999999995e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.72 
 
 
570 aa  270  7e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.2 
 
 
570 aa  269  8e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.2 
 
 
570 aa  267  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  31.99 
 
 
565 aa  266  5e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.77 
 
 
561 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  32.95 
 
 
573 aa  265  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  30.72 
 
 
570 aa  262  1e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.65 
 
 
566 aa  259  8e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.61 
 
 
559 aa  259  9e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  31.74 
 
 
558 aa  258  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 
563 aa  258  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.99 
 
 
570 aa  257  5e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.63 
 
 
569 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.54 
 
 
573 aa  254  3e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.67 
 
 
579 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.39 
 
 
560 aa  246  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.47 
 
 
553 aa  244  3e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.35 
 
 
527 aa  231  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.94 
 
 
553 aa  225  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  31.36 
 
 
528 aa  224  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  30.33 
 
 
550 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  31.26 
 
 
573 aa  208  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.57 
 
 
549 aa  207  4e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.9 
 
 
518 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  31.64 
 
 
522 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.07 
 
 
546 aa  202  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.56 
 
 
527 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.82 
 
 
522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.81 
 
 
545 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.52 
 
 
551 aa  196  8.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.75 
 
 
522 aa  196  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.5 
 
 
546 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.52 
 
 
546 aa  193  9e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.88 
 
 
533 aa  193  9e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.33 
 
 
528 aa  192  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.83 
 
 
522 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 
531 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.83 
 
 
522 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.34 
 
 
569 aa  190  8e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.45 
 
 
528 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.23 
 
 
526 aa  189  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.06 
 
 
523 aa  187  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.72 
 
 
546 aa  185  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.31 
 
 
548 aa  184  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  28.72 
 
 
549 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  30.67 
 
 
522 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.21 
 
 
522 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  30.89 
 
 
547 aa  183  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.5 
 
 
561 aa  183  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.14 
 
 
573 aa  179  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.09 
 
 
572 aa  178  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 
534 aa  177  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.79 
 
 
573 aa  177  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 
563 aa  177  6e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.19 
 
 
547 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.77 
 
 
548 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.07 
 
 
526 aa  173  6.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.35 
 
 
547 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  26.7 
 
 
573 aa  171  4e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.14 
 
 
545 aa  171  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  28.71 
 
 
549 aa  170  6e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  26.35 
 
 
573 aa  170  7e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  28.28 
 
 
547 aa  169  1e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.5 
 
 
549 aa  168  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.88 
 
 
556 aa  168  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.37 
 
 
556 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.17 
 
 
526 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.14 
 
 
522 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.9 
 
 
536 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 
545 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  23.87 
 
 
547 aa  164  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.28 
 
 
540 aa  164  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  28.3 
 
 
539 aa  162  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  26.77 
 
 
662 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  24.03 
 
 
547 aa  160  5e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.74 
 
 
548 aa  160  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.24 
 
 
755 aa  159  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.88 
 
 
550 aa  159  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.29 
 
 
515 aa  158  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>