More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3694 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.64 
 
 
566 aa  681    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.92 
 
 
565 aa  691    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.83 
 
 
572 aa  653    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.56 
 
 
567 aa  714    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  62.74 
 
 
565 aa  753    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.61 
 
 
573 aa  685    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
566 aa  1189    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.86 
 
 
582 aa  667    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.54 
 
 
572 aa  679    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.5 
 
 
570 aa  665    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  60.86 
 
 
558 aa  730    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.32 
 
 
570 aa  633  1e-180  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.02 
 
 
574 aa  629  1e-179  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.74 
 
 
561 aa  628  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  54.74 
 
 
561 aa  625  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.79 
 
 
573 aa  626  1e-178  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.66 
 
 
569 aa  622  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.28 
 
 
561 aa  619  1e-176  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.53 
 
 
570 aa  620  1e-176  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.98 
 
 
579 aa  612  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.36 
 
 
570 aa  611  1e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  52.44 
 
 
570 aa  605  9.999999999999999e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.39 
 
 
570 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.95 
 
 
569 aa  604  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  51.38 
 
 
573 aa  595  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.98 
 
 
562 aa  557  1e-157  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.82 
 
 
563 aa  542  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.38 
 
 
559 aa  540  9.999999999999999e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.81 
 
 
560 aa  536  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  47.17 
 
 
574 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.13 
 
 
563 aa  493  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  32.5 
 
 
550 aa  267  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  32.64 
 
 
549 aa  252  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.56 
 
 
579 aa  251  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.5 
 
 
579 aa  248  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.2 
 
 
578 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.7 
 
 
581 aa  237  4e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.55 
 
 
546 aa  237  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.69 
 
 
565 aa  236  8e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.75 
 
 
584 aa  234  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.87 
 
 
578 aa  231  4e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.5 
 
 
546 aa  224  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.09 
 
 
547 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  31.72 
 
 
547 aa  221  1.9999999999999999e-56  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.74 
 
 
547 aa  220  5e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.07 
 
 
551 aa  219  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.42 
 
 
546 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  31.89 
 
 
551 aa  217  5.9999999999999996e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  31.37 
 
 
546 aa  215  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.9 
 
 
527 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  30.28 
 
 
528 aa  203  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.71 
 
 
522 aa  198  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.71 
 
 
522 aa  198  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.62 
 
 
522 aa  197  6e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  29.64 
 
 
522 aa  192  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32 
 
 
553 aa  192  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.76 
 
 
522 aa  190  5.999999999999999e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.78 
 
 
522 aa  188  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  29.07 
 
 
573 aa  187  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 
522 aa  185  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 
527 aa  182  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.34 
 
 
522 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.51 
 
 
523 aa  179  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.75 
 
 
526 aa  179  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.35 
 
 
528 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.18 
 
 
528 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.26 
 
 
553 aa  172  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 
518 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 
550 aa  166  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.99 
 
 
549 aa  165  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.89 
 
 
538 aa  164  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.06 
 
 
526 aa  158  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.16 
 
 
523 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.89 
 
 
556 aa  155  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.95 
 
 
544 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.5 
 
 
534 aa  154  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.41 
 
 
589 aa  153  8.999999999999999e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 
563 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.88 
 
 
561 aa  152  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.43 
 
 
545 aa  151  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.69 
 
 
545 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.59 
 
 
533 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.88 
 
 
547 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  26.5 
 
 
573 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  26.06 
 
 
551 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.2 
 
 
556 aa  144  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.96 
 
 
755 aa  143  7e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.35 
 
 
526 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.97 
 
 
614 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.39 
 
 
525 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.35 
 
 
556 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26 
 
 
533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26 
 
 
533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.28 
 
 
547 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  25.25 
 
 
573 aa  141  3e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26 
 
 
533 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.26 
 
 
536 aa  141  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.62 
 
 
548 aa  141  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.69 
 
 
572 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 
531 aa  141  3.9999999999999997e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>