More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3053 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  100 
 
 
528 aa  1098    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.19 
 
 
523 aa  635    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  59.65 
 
 
522 aa  639    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  89.71 
 
 
527 aa  994    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.65 
 
 
522 aa  628  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  59.85 
 
 
522 aa  628  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.82 
 
 
526 aa  625  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.98 
 
 
522 aa  620  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  57.36 
 
 
522 aa  618  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.51 
 
 
522 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.51 
 
 
522 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.75 
 
 
522 aa  611  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  58.4 
 
 
523 aa  600  1e-170  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.07 
 
 
527 aa  595  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.22 
 
 
528 aa  590  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.71 
 
 
534 aa  585  1e-166  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  55.03 
 
 
528 aa  588  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.91 
 
 
518 aa  489  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.79 
 
 
553 aa  300  5e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.85 
 
 
553 aa  280  5e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.99 
 
 
515 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.02 
 
 
548 aa  273  5.000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.67 
 
 
547 aa  270  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.28 
 
 
547 aa  268  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  37.94 
 
 
547 aa  263  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.58 
 
 
556 aa  262  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.87 
 
 
573 aa  262  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.29 
 
 
548 aa  260  5.0000000000000005e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.04 
 
 
556 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.8 
 
 
526 aa  259  1e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.48 
 
 
556 aa  258  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.66 
 
 
526 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.7 
 
 
573 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.32 
 
 
550 aa  249  8e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  36.77 
 
 
563 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  36.77 
 
 
563 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  36.77 
 
 
563 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.82 
 
 
549 aa  233  4.0000000000000004e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.97 
 
 
545 aa  233  6e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  31.9 
 
 
549 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  29.43 
 
 
570 aa  218  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.72 
 
 
573 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.71 
 
 
563 aa  213  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.46 
 
 
531 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.19 
 
 
572 aa  213  7e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.3 
 
 
578 aa  208  2e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.08 
 
 
565 aa  208  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.24 
 
 
566 aa  207  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.57 
 
 
539 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.57 
 
 
539 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.57 
 
 
539 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.67 
 
 
539 aa  205  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.31 
 
 
566 aa  204  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.76 
 
 
545 aa  204  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.33 
 
 
579 aa  202  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.55 
 
 
533 aa  202  9.999999999999999e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.21 
 
 
561 aa  202  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.44 
 
 
565 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.41 
 
 
540 aa  201  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.55 
 
 
570 aa  200  6e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  28.22 
 
 
565 aa  200  6e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.08 
 
 
539 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.27 
 
 
559 aa  199  7.999999999999999e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 
570 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.28 
 
 
536 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.06 
 
 
579 aa  198  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.28 
 
 
563 aa  197  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.16 
 
 
570 aa  197  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.33 
 
 
574 aa  196  7e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  31.08 
 
 
539 aa  195  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.85 
 
 
562 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.46 
 
 
538 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 
582 aa  194  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  28.6 
 
 
558 aa  194  5e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.65 
 
 
545 aa  193  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.71 
 
 
572 aa  193  6e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 
569 aa  193  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.96 
 
 
569 aa  193  8e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.56 
 
 
561 aa  192  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.53 
 
 
539 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.45 
 
 
539 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.44 
 
 
539 aa  192  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.67 
 
 
567 aa  190  5e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.29 
 
 
755 aa  190  5.999999999999999e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.92 
 
 
561 aa  189  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  27.92 
 
 
561 aa  187  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.33 
 
 
573 aa  187  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 
533 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 
570 aa  187  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 
572 aa  183  7e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.27 
 
 
544 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.41 
 
 
579 aa  182  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  30.94 
 
 
537 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  31.08 
 
 
549 aa  181  2.9999999999999997e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.62 
 
 
533 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 
570 aa  181  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  37.11 
 
 
573 aa  179  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  26.88 
 
 
573 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.62 
 
 
533 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  28.06 
 
 
573 aa  178  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>