More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4442 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  80.89 
 
 
539 aa  924    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  97.96 
 
 
539 aa  1105    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  90.09 
 
 
537 aa  996    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  90.28 
 
 
537 aa  998    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  96.29 
 
 
539 aa  1092    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  90.09 
 
 
537 aa  996    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  96.29 
 
 
539 aa  1063    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  90.65 
 
 
537 aa  1004    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
539 aa  1125    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  95.92 
 
 
539 aa  1055    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  97.96 
 
 
539 aa  1105    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.06 
 
 
533 aa  679    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  99.44 
 
 
539 aa  1120    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  90.28 
 
 
537 aa  998    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  97.96 
 
 
539 aa  1105    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  90.09 
 
 
537 aa  996    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  90.09 
 
 
537 aa  996    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  81.77 
 
 
540 aa  934    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  81.84 
 
 
536 aa  937    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  90.28 
 
 
537 aa  998    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.01 
 
 
545 aa  537  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.6 
 
 
538 aa  534  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.25 
 
 
552 aa  500  1e-140  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.1 
 
 
544 aa  488  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  46.1 
 
 
551 aa  491  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.68 
 
 
550 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.29 
 
 
534 aa  457  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.07 
 
 
533 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.49 
 
 
533 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.49 
 
 
533 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  35.14 
 
 
752 aa  310  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.98 
 
 
752 aa  309  8e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3988  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.5 
 
 
752 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.93 
 
 
531 aa  286  5.999999999999999e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.72 
 
 
614 aa  280  4e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.97 
 
 
533 aa  273  5.000000000000001e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.46 
 
 
545 aa  270  5e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.18 
 
 
662 aa  269  8e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.18 
 
 
662 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  33.03 
 
 
662 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.41 
 
 
662 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5986  putative dehydrogenase large subunit protein  30.08 
 
 
623 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.420299 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3137  dehydrogenase subunit  31.31 
 
 
607 aa  249  7e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2982  putative dehydrogenase protein  31.15 
 
 
607 aa  248  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2098  putative dehydrogenase large subunit protein  30.5 
 
 
612 aa  236  7e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  31.74 
 
 
528 aa  199  7.999999999999999e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.53 
 
 
527 aa  196  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.35 
 
 
553 aa  192  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.43 
 
 
522 aa  184  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.1 
 
 
573 aa  183  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  30.46 
 
 
549 aa  182  2e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.07 
 
 
556 aa  182  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.29 
 
 
556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.97 
 
 
547 aa  180  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.62 
 
 
522 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.62 
 
 
522 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.22 
 
 
553 aa  179  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.78 
 
 
527 aa  178  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.74 
 
 
526 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.96 
 
 
522 aa  178  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.16 
 
 
548 aa  177  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.47 
 
 
573 aa  177  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  30.43 
 
 
539 aa  177  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.71 
 
 
522 aa  177  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.23 
 
 
525 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  31.02 
 
 
547 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 
573 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.82 
 
 
547 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  31.07 
 
 
563 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.54 
 
 
548 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  31.07 
 
 
563 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  31.07 
 
 
563 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.47 
 
 
556 aa  173  6.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.55 
 
 
526 aa  173  7.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  29 
 
 
549 aa  172  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.77 
 
 
501 aa  170  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.87 
 
 
523 aa  169  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.84 
 
 
518 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.06 
 
 
526 aa  168  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.23 
 
 
528 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.93 
 
 
522 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  27.17 
 
 
506 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  29.43 
 
 
522 aa  161  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.81 
 
 
528 aa  160  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.33 
 
 
563 aa  159  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  27.04 
 
 
534 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.47 
 
 
534 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 
534 aa  154  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.89 
 
 
522 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.07 
 
 
545 aa  152  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.52 
 
 
563 aa  152  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0154  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit-like  27.22 
 
 
475 aa  151  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1977  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit  26.26 
 
 
480 aa  151  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000336524 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.11 
 
 
550 aa  150  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.99 
 
 
561 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3248  hypothetical protein  28.33 
 
 
480 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713925  normal  0.212703 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.92 
 
 
515 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.68 
 
 
523 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.84 
 
 
494 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3452  hypothetical protein  28.01 
 
 
480 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0700524  normal  0.443587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>