249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0154 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0154  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit-like  100 
 
 		 475 aa  989    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1977  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit  41.34 
 
 		 480 aa  388  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000336524 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3718  hypothetical protein  39.92 
 
 		 483 aa  334  2e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3452  hypothetical protein  39.5 
 
 		 480 aa  333  6e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0700524  normal  0.443587 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4670  choline dehydrogenase-like flavoprotein  38.4 
 
 		 478 aa  325  1e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0703924  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3248  hypothetical protein  38.87 
 
 		 480 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713925  normal  0.212703 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.43 
 
 		 538 aa  176  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  27.15 
 
 		 551 aa  171  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.37 
 
 		 539 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.37 
 
 		 539 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.37 
 
 		 539 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.01 
 
 		 539 aa  154  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.59 
 
 		 539 aa  152  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  26.74 
 
 		 539 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.7 
 
 		 544 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.24 
 
 		 536 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.45 
 
 		 545 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.57 
 
 		 552 aa  147  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.89 
 
 		 539 aa  147  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.42 
 
 		 540 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 		 539 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 550 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.01 
 
 		 539 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  27.84 
 
 		 537 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  26.68 
 
 		 537 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  26.68 
 
 		 537 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  26.68 
 
 		 537 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  26.68 
 
 		 537 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.23 
 
 		 533 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 533 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  26.3 
 
 		 537 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.3 
 
 		 537 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.3 
 
 		 537 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.81 
 
 		 533 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.81 
 
 		 533 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 		 614 aa  124  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 		 534 aa  124  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.18 
 
 		 531 aa  113  8.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.76 
 
 		 527 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  25.38 
 
 		 528 aa  113  9e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.92 
 
 		 522 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.92 
 
 		 522 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.11 
 
 		 526 aa  107  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5986  putative dehydrogenase large subunit protein  21.96 
 
 		 623 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420299 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.45 
 
 		 553 aa  103  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.49 
 
 		 522 aa  100  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  25.45 
 
 		 549 aa  100  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.16 
 
 		 525 aa  99  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  26.2 
 
 		 522 aa  97.8  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.45 
 
 		 545 aa  97.1  6e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.01 
 
 		 523 aa  97.1  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2098  putative dehydrogenase large subunit protein  22.88 
 
 		 612 aa  96.7  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.49 
 
 		 579 aa  95.5  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.2 
 
 		 548 aa  94.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.31 
 
 		 553 aa  94.4  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.86 
 
 		 533 aa  94.4  4e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.61 
 
 		 522 aa  94  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  23.51 
 
 		 522 aa  94  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2982  putative dehydrogenase protein  23.31 
 
 		 607 aa  93.6  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.244285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.88 
 
 		 573 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.76 
 
 		 522 aa  91.3  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  24.77 
 
 		 539 aa  90.1  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.25 
 
 		 527 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4244  putative gluconate dehydrogenase  31.03 
 
 		 588 aa  89.7  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.659751  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.11 
 
 		 545 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3137  dehydrogenase subunit  22.8 
 
 		 607 aa  89.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 547 aa  88.2  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.32 
 
 		 565 aa  87.8  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  21.32 
 
 		 523 aa  88.2  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.09 
 
 		 565 aa  88.2  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  24.24 
 
 		 494 aa  87.4  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.68 
 
 		 515 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.7 
 
 		 570 aa  86.7  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.9 
 
 		 545 aa  85.9  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.03 
 
 		 573 aa  84.7  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.72 
 
 		 573 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.78 
 
 		 494 aa  84  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.29 
 
 		 566 aa  84  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  23.65 
 
 		 534 aa  84  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.89 
 
 		 549 aa  84  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  22.75 
 
 		 662 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.75 
 
 		 662 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.3 
 
 		 572 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.95 
 
 		 548 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.71 
 
 		 547 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.84 
 
 		 698 aa  82.8  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.67 
 
 		 526 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  23.15 
 
 		 563 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  21.98 
 
 		 522 aa  82.4  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.58 
 
 		 662 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.58 
 
 		 662 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  23.15 
 
 		 563 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22 
 
 		 522 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  23.27 
 
 		 563 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  21.65 
 
 		 528 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.38 
 
 		 566 aa  81.3  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.58 
 
 		 591 aa  80.9  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.65 
 
 		 528 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.5 
 
 		 563 aa  80.1  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.84 
 
 		 534 aa  80.1  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>