237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5986 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.22 
 
 		 614 aa  670    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2982  putative dehydrogenase protein  52.33 
 
 		 607 aa  649    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.244285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5986  putative dehydrogenase large subunit protein  100 
 
 		 623 aa  1290    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420299 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3137  dehydrogenase subunit  52.01 
 
 		 607 aa  645    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2098  putative dehydrogenase large subunit protein  41.75 
 
 		 612 aa  457  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3988  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.87 
 
 		 752 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.87 
 
 		 752 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  36.41 
 
 		 752 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  32.18 
 
 		 662 aa  320  5e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.18 
 
 		 662 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.32 
 
 		 662 aa  317  3e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.18 
 
 		 662 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.7 
 
 		 539 aa  256  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.4 
 
 		 539 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.4 
 
 		 539 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.4 
 
 		 539 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.9 
 
 		 540 aa  250  6e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.34 
 
 		 536 aa  249  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  31.21 
 
 		 539 aa  244  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  30.83 
 
 		 537 aa  244  5e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  30.83 
 
 		 537 aa  244  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.77 
 
 		 533 aa  243  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  30.83 
 
 		 537 aa  244  5e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  30.83 
 
 		 537 aa  244  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  30.83 
 
 		 537 aa  244  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  30.83 
 
 		 537 aa  244  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  30.83 
 
 		 537 aa  244  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  30.78 
 
 		 537 aa  243  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.05 
 
 		 538 aa  241  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.93 
 
 		 539 aa  237  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.84 
 
 		 545 aa  237  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.45 
 
 		 539 aa  237  6e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.12 
 
 		 539 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.33 
 
 		 539 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.05 
 
 		 534 aa  228  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.31 
 
 		 533 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.31 
 
 		 533 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.34 
 
 		 544 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  30.24 
 
 		 551 aa  214  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.38 
 
 		 533 aa  212  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.17 
 
 		 552 aa  191  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 		 550 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.6 
 
 		 526 aa  136  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.65 
 
 		 531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.15 
 
 		 533 aa  130  8.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.12 
 
 		 545 aa  127  5e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.98 
 
 		 581 aa  124  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.6 
 
 		 563 aa  114  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.73 
 
 		 561 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  24.43 
 
 		 539 aa  112  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.26 
 
 		 561 aa  109  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  21.3 
 
 		 561 aa  107  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0154  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit-like  21.96 
 
 		 475 aa  104  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.82 
 
 		 566 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.58 
 
 		 549 aa  102  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.84 
 
 		 579 aa  102  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.63 
 
 		 518 aa  101  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.57 
 
 		 566 aa  101  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.38 
 
 		 556 aa  100  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.31 
 
 		 579 aa  100  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.24 
 
 		 527 aa  98.6  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.58 
 
 		 515 aa  99  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.65 
 
 		 573 aa  97.8  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.11 
 
 		 522 aa  97.8  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.11 
 
 		 522 aa  97.8  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.11 
 
 		 561 aa  97.8  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.46 
 
 		 553 aa  97.4  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.48 
 
 		 522 aa  96.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.15 
 
 		 556 aa  95.9  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3718  hypothetical protein  24.05 
 
 		 483 aa  95.9  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24 
 
 		 534 aa  95.9  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.35 
 
 		 582 aa  95.5  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.5 
 
 		 565 aa  95.9  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3452  hypothetical protein  23.88 
 
 		 480 aa  94.7  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0700524  normal  0.443587 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  23.91 
 
 		 549 aa  94.4  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.19 
 
 		 526 aa  94.4  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.6 
 
 		 572 aa  93.6  9e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.72 
 
 		 550 aa  93.6  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.79 
 
 		 560 aa  93.2  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.28 
 
 		 572 aa  93.6  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.14 
 
 		 525 aa  93.2  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.71 
 
 		 591 aa  92  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  21.98 
 
 		 573 aa  91.7  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.57 
 
 		 578 aa  91.7  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.44 
 
 		 563 aa  90.9  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.39 
 
 		 584 aa  90.9  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.99 
 
 		 559 aa  90.5  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.16 
 
 		 553 aa  90.1  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 563 aa  89.7  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  24.42 
 
 		 528 aa  89  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  23.04 
 
 		 522 aa  88.6  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.94 
 
 		 578 aa  87.4  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  23.03 
 
 		 591 aa  87.4  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  23.95 
 
 		 549 aa  85.5  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  23.54 
 
 		 574 aa  85.1  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  23.04 
 
 		 591 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  23.04 
 
 		 591 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.47 
 
 		 573 aa  85.5  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.19 
 
 		 569 aa  84.7  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.87 
 
 		 548 aa  84.3  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>