More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2999 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.14 
 
 
572 aa  907    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  86.56 
 
 
563 aa  1034    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
561 aa  1171    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  55.12 
 
 
573 aa  620  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  48.02 
 
 
549 aa  494  9.999999999999999e-139  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.7 
 
 
553 aa  276  7e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.59 
 
 
549 aa  245  1.9999999999999999e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.36 
 
 
550 aa  221  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.29 
 
 
527 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 
755 aa  207  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.12 
 
 
522 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.8 
 
 
553 aa  196  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.74 
 
 
528 aa  194  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  28.4 
 
 
534 aa  194  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.57 
 
 
528 aa  192  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.46 
 
 
522 aa  191  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.9 
 
 
522 aa  190  7e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.9 
 
 
522 aa  190  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.98 
 
 
527 aa  189  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 
565 aa  189  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.23 
 
 
522 aa  188  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  29.43 
 
 
528 aa  188  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.09 
 
 
698 aa  188  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 
524 aa  187  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.68 
 
 
548 aa  186  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  29.98 
 
 
547 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  28.89 
 
 
528 aa  184  3e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.82 
 
 
545 aa  184  3e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 
501 aa  184  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.17 
 
 
534 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.17 
 
 
534 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  29.25 
 
 
521 aa  183  9.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 
522 aa  181  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 
534 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.36 
 
 
526 aa  181  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.22 
 
 
516 aa  180  5.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.5 
 
 
531 aa  179  8e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 
512 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.55 
 
 
556 aa  179  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.38 
 
 
506 aa  178  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.7 
 
 
534 aa  178  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.62 
 
 
592 aa  178  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 
518 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.42 
 
 
556 aa  177  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  28.46 
 
 
647 aa  176  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 
547 aa  176  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.86 
 
 
533 aa  176  9.999999999999999e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  26.73 
 
 
596 aa  176  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.62 
 
 
592 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.89 
 
 
512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 
592 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  29.44 
 
 
522 aa  174  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 
526 aa  173  6.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.09 
 
 
522 aa  172  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.81 
 
 
547 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.27 
 
 
520 aa  171  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 
526 aa  170  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 
547 aa  169  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 
592 aa  169  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.34 
 
 
556 aa  169  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.47 
 
 
592 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.05 
 
 
523 aa  168  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.47 
 
 
592 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.47 
 
 
592 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.03 
 
 
545 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.08 
 
 
504 aa  166  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  28.62 
 
 
573 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  28.79 
 
 
573 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.19 
 
 
533 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.8 
 
 
511 aa  162  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.6 
 
 
589 aa  162  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.18 
 
 
533 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.23 
 
 
525 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.18 
 
 
533 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  28.98 
 
 
563 aa  161  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.17 
 
 
592 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.58 
 
 
578 aa  160  5e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 
548 aa  160  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0227  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.65 
 
 
592 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  28.8 
 
 
563 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.87 
 
 
538 aa  158  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  28.8 
 
 
563 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 
534 aa  158  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.59 
 
 
590 aa  158  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  28.35 
 
 
549 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.51 
 
 
518 aa  157  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.73 
 
 
572 aa  156  7e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  28.15 
 
 
510 aa  156  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.66 
 
 
573 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.57 
 
 
523 aa  156  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  28.15 
 
 
502 aa  156  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.43 
 
 
572 aa  155  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.75 
 
 
592 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.39 
 
 
533 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  26.78 
 
 
591 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  24.71 
 
 
594 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  26.78 
 
 
591 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.38 
 
 
579 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.79 
 
 
573 aa  153  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 
544 aa  153  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>