More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0789 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  91.3 
 
 		 539 aa  1036    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  84.14 
 
 		 537 aa  934    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  84.14 
 
 		 537 aa  934    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  81.77 
 
 		 539 aa  940    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  81.24 
 
 		 539 aa  911    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  81.62 
 
 		 539 aa  908    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  82.52 
 
 		 539 aa  940    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  84.72 
 
 		 537 aa  938    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  84.14 
 
 		 537 aa  934    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  84.14 
 
 		 537 aa  934    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  82.59 
 
 		 539 aa  919    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  82.52 
 
 		 539 aa  940    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  97.93 
 
 		 536 aa  1092    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  84.14 
 
 		 537 aa  934    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  81.82 
 
 		 539 aa  907    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  84.14 
 
 		 537 aa  934    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  82.52 
 
 		 539 aa  940    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  84.14 
 
 		 537 aa  934    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 540 aa  1127    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.98 
 
 		 533 aa  688    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.37 
 
 		 545 aa  528  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.58 
 
 		 538 aa  516  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.24 
 
 		 552 aa  493  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  45.25 
 
 		 551 aa  479  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.4 
 
 		 544 aa  474  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.4 
 
 		 550 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.56 
 
 		 534 aa  454  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.9 
 
 		 533 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.9 
 
 		 533 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.9 
 
 		 533 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.58 
 
 		 531 aa  287  4e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  33.39 
 
 		 752 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.91 
 
 		 752 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.89 
 
 		 614 aa  282  1e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3988  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.91 
 
 		 752 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.43 
 
 		 545 aa  280  5e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.68 
 
 		 533 aa  278  2e-73  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5986  putative dehydrogenase large subunit protein  31.9 
 
 		 623 aa  250  5e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420299 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3137  dehydrogenase subunit  31.96 
 
 		 607 aa  243  6e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2982  putative dehydrogenase protein  31.8 
 
 		 607 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.244285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.2 
 
 		 662 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.05 
 
 		 662 aa  233  5e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 662 aa  233  6e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.2 
 
 		 662 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2098  putative dehydrogenase large subunit protein  32.03 
 
 		 612 aa  231  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.22 
 
 		 527 aa  199  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.3 
 
 		 553 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  32.47 
 
 		 528 aa  195  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.63 
 
 		 547 aa  187  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.77 
 
 		 553 aa  183  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.63 
 
 		 522 aa  183  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  30.85 
 
 		 547 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  30.23 
 
 		 539 aa  180  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.63 
 
 		 547 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.08 
 
 		 556 aa  176  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.65 
 
 		 573 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  29.2 
 
 		 549 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.94 
 
 		 573 aa  175  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.85 
 
 		 573 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.44 
 
 		 526 aa  174  5e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.84 
 
 		 556 aa  173  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.29 
 
 		 548 aa  173  5.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.49 
 
 		 522 aa  173  5.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.96 
 
 		 526 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29 
 
 		 525 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.63 
 
 		 556 aa  171  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  29.34 
 
 		 549 aa  170  5e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.15 
 
 		 522 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.15 
 
 		 522 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.62 
 
 		 522 aa  167  5e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.72 
 
 		 563 aa  167  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 		 526 aa  166  6.9999999999999995e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  31.19 
 
 		 563 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  31.19 
 
 		 563 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 		 548 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  28.26 
 
 		 506 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  31.19 
 
 		 563 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.73 
 
 		 501 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.06 
 
 		 523 aa  160  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.05 
 
 		 522 aa  160  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.39 
 
 		 534 aa  159  9e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.13 
 
 		 545 aa  159  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.09 
 
 		 534 aa  157  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.79 
 
 		 550 aa  157  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.89 
 
 		 527 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 		 572 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.99 
 
 		 572 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  28.11 
 
 		 494 aa  152  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28.08 
 
 		 522 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.3 
 
 		 581 aa  151  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 566 aa  150  7e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3248  hypothetical protein  29.1 
 
 		 480 aa  150  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713925  normal  0.212703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.73 
 
 		 522 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 		 545 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  27.39 
 
 		 534 aa  148  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.6 
 
 		 549 aa  147  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.5 
 
 		 561 aa  147  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.28 
 
 		 578 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0154  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit-like  26.42 
 
 		 475 aa  146  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>