More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4263 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
544 aa  1125    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.19 
 
 
533 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.19 
 
 
533 aa  548  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.19 
 
 
533 aa  548  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.37 
 
 
533 aa  533  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.71 
 
 
534 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.07 
 
 
538 aa  495  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.92 
 
 
539 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.28 
 
 
539 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.28 
 
 
539 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.28 
 
 
539 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  45.76 
 
 
551 aa  483  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.57 
 
 
539 aa  481  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  46.8 
 
 
537 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  46.8 
 
 
537 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  46.8 
 
 
537 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  46.78 
 
 
537 aa  476  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  46.8 
 
 
537 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 
536 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  46.8 
 
 
537 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  46.8 
 
 
537 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  46.8 
 
 
537 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.4 
 
 
540 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47 
 
 
539 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.82 
 
 
539 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  45.6 
 
 
539 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.82 
 
 
539 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.44 
 
 
552 aa  452  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.23 
 
 
545 aa  454  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.82 
 
 
550 aa  451  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.81 
 
 
531 aa  273  6e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.63 
 
 
545 aa  273  7e-72  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.58 
 
 
533 aa  260  3e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.62 
 
 
662 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.77 
 
 
662 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  31.47 
 
 
662 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.32 
 
 
662 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  31.53 
 
 
752 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3988  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.05 
 
 
752 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.29 
 
 
614 aa  249  8e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.05 
 
 
752 aa  249  9e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2098  putative dehydrogenase large subunit protein  31.48 
 
 
612 aa  234  4.0000000000000004e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2982  putative dehydrogenase protein  29.73 
 
 
607 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3137  dehydrogenase subunit  29.73 
 
 
607 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5986  putative dehydrogenase large subunit protein  29.34 
 
 
623 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.420299 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.87 
 
 
553 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 
501 aa  189  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.88 
 
 
527 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.96 
 
 
547 aa  182  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.76 
 
 
553 aa  181  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.14 
 
 
556 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.39 
 
 
518 aa  179  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.24 
 
 
556 aa  178  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.2 
 
 
548 aa  177  4e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.01 
 
 
525 aa  177  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.95 
 
 
550 aa  176  8e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.87 
 
 
573 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  30.73 
 
 
528 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.59 
 
 
547 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  29.07 
 
 
549 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.7 
 
 
526 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.61 
 
 
548 aa  174  5e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.39 
 
 
556 aa  174  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.96 
 
 
522 aa  173  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.24 
 
 
573 aa  172  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.78 
 
 
526 aa  172  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.42 
 
 
573 aa  171  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.92 
 
 
526 aa  169  8e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.39 
 
 
523 aa  169  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  28.09 
 
 
549 aa  169  1e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  27.96 
 
 
534 aa  167  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.92 
 
 
522 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.92 
 
 
522 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  30.13 
 
 
547 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.26 
 
 
545 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.14 
 
 
522 aa  163  7e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  30.12 
 
 
563 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  30.12 
 
 
563 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  30.12 
 
 
563 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 
527 aa  162  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.23 
 
 
572 aa  161  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.15 
 
 
534 aa  161  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.67 
 
 
522 aa  160  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.84 
 
 
545 aa  160  7e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.43 
 
 
549 aa  158  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  28.24 
 
 
558 aa  158  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  26.43 
 
 
539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.29 
 
 
522 aa  156  9e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.84 
 
 
582 aa  155  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.3 
 
 
579 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.95 
 
 
566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.29 
 
 
534 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 
563 aa  153  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.64 
 
 
561 aa  153  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 
534 aa  151  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.29 
 
 
528 aa  152  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.29 
 
 
534 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.29 
 
 
534 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 
528 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0154  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit-like  27.7 
 
 
475 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>