More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3166 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.11 
 
 
512 aa  766    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  72.89 
 
 
494 aa  731    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  100 
 
 
506 aa  1043    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.8 
 
 
494 aa  724    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.31 
 
 
512 aa  771    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.11 
 
 
501 aa  553  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  56.57 
 
 
489 aa  544  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3577  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.53 
 
 
506 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0954252  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.22 
 
 
534 aa  413  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 
534 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 
534 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 
534 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.91 
 
 
520 aa  375  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  42.47 
 
 
534 aa  375  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  41.15 
 
 
521 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.23 
 
 
547 aa  365  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.57 
 
 
516 aa  338  9e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  41.46 
 
 
502 aa  333  4e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  41.46 
 
 
510 aa  333  5e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.11 
 
 
518 aa  327  2.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.79 
 
 
524 aa  327  3e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.53 
 
 
524 aa  326  6e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  37.85 
 
 
528 aa  324  2e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.61 
 
 
526 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.86 
 
 
506 aa  310  2.9999999999999997e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  33.08 
 
 
522 aa  276  7e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0978  hypothetical protein  34.38 
 
 
502 aa  268  2e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.667371  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.63 
 
 
504 aa  187  4e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.89 
 
 
511 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.36 
 
 
532 aa  171  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29 
 
 
550 aa  169  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.57 
 
 
536 aa  169  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.26 
 
 
540 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.54 
 
 
539 aa  166  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 
563 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.39 
 
 
561 aa  161  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 
539 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 
539 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 
539 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  25.74 
 
 
573 aa  160  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  28.91 
 
 
539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.5 
 
 
539 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.82 
 
 
544 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.44 
 
 
553 aa  149  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.98 
 
 
539 aa  148  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  26.35 
 
 
551 aa  147  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.6 
 
 
539 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 
533 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.6 
 
 
539 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.6 
 
 
538 aa  143  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 
545 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.72 
 
 
572 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 
552 aa  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.72 
 
 
550 aa  137  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  25.56 
 
 
537 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 
527 aa  136  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.53 
 
 
534 aa  134  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  26.33 
 
 
537 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.33 
 
 
537 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.33 
 
 
537 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.11 
 
 
533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.77 
 
 
545 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  26.14 
 
 
537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  26.14 
 
 
537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  26.14 
 
 
537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  26.14 
 
 
537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.23 
 
 
533 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.23 
 
 
533 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.23 
 
 
533 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.65 
 
 
531 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.43 
 
 
522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.92 
 
 
518 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.42 
 
 
755 aa  127  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.66 
 
 
522 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.66 
 
 
522 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.04 
 
 
549 aa  124  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.53 
 
 
528 aa  123  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.2 
 
 
526 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.45 
 
 
522 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  24.91 
 
 
549 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.79 
 
 
527 aa  120  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  27.39 
 
 
549 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 
534 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.78 
 
 
698 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.08 
 
 
545 aa  116  8.999999999999998e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 
582 aa  115  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  24.87 
 
 
558 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.68 
 
 
556 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.41 
 
 
545 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.24 
 
 
528 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.83 
 
 
566 aa  114  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.4 
 
 
563 aa  113  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 
553 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.23 
 
 
528 aa  111  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.82 
 
 
556 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.35 
 
 
526 aa  110  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 
547 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.66 
 
 
522 aa  108  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.48 
 
 
561 aa  108  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.12 
 
 
515 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>