More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01675 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  100 
 
 
647 aa  1331    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.46 
 
 
561 aa  192  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.53 
 
 
573 aa  191  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.86 
 
 
550 aa  177  5e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.28 
 
 
527 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 
563 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.97 
 
 
572 aa  159  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  26.07 
 
 
549 aa  159  1e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.7 
 
 
594 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3895  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.46 
 
 
594 aa  157  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.241761 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.2 
 
 
591 aa  157  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.54 
 
 
594 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.6 
 
 
549 aa  154  4e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.81 
 
 
592 aa  152  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.23 
 
 
594 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.92 
 
 
553 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.12 
 
 
563 aa  148  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.38 
 
 
594 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.85 
 
 
592 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.95 
 
 
572 aa  145  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.85 
 
 
592 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  25.8 
 
 
594 aa  144  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2565  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.21 
 
 
594 aa  144  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.339235  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.54 
 
 
592 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.7 
 
 
515 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.49 
 
 
594 aa  140  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  25.35 
 
 
591 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.89 
 
 
591 aa  140  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  25.35 
 
 
591 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.38 
 
 
592 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.22 
 
 
561 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.38 
 
 
592 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.38 
 
 
592 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.31 
 
 
589 aa  139  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 
755 aa  140  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.21 
 
 
534 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.29 
 
 
534 aa  138  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.21 
 
 
534 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.69 
 
 
592 aa  137  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.53 
 
 
526 aa  136  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.61 
 
 
592 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.05 
 
 
524 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  25.04 
 
 
591 aa  134  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.66 
 
 
570 aa  134  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.89 
 
 
573 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3608  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.81 
 
 
589 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0579552  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  29.04 
 
 
522 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.93 
 
 
569 aa  131  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.93 
 
 
572 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2137  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.82 
 
 
593 aa  131  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.85 
 
 
561 aa  131  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  24.52 
 
 
561 aa  130  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.21 
 
 
512 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.07 
 
 
522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.43 
 
 
522 aa  129  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.31 
 
 
512 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0227  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.88 
 
 
592 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.85 
 
 
590 aa  126  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.49 
 
 
523 aa  125  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5399  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.62 
 
 
586 aa  125  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.92 
 
 
570 aa  125  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.73 
 
 
526 aa  125  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  25.77 
 
 
534 aa  124  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  25.23 
 
 
574 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.18 
 
 
565 aa  124  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 
586 aa  123  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.49 
 
 
566 aa  123  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.16 
 
 
504 aa  123  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  30.89 
 
 
528 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  25.94 
 
 
502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  25.94 
 
 
510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.61 
 
 
522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  24.56 
 
 
565 aa  122  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.03 
 
 
522 aa  122  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.05 
 
 
573 aa  122  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4244  putative gluconate dehydrogenase  24.84 
 
 
588 aa  121  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.659751  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.58 
 
 
516 aa  120  9e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.4 
 
 
545 aa  120  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1164  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.55 
 
 
594 aa  119  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  23.16 
 
 
570 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  26.58 
 
 
528 aa  118  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  27 
 
 
549 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  24.7 
 
 
596 aa  117  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.78 
 
 
614 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.81 
 
 
524 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.81 
 
 
547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.65 
 
 
522 aa  115  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
567 aa  115  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.27 
 
 
518 aa  114  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30 
 
 
518 aa  114  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.92 
 
 
534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.39 
 
 
534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.63 
 
 
523 aa  111  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  23.52 
 
 
558 aa  110  7.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  24.63 
 
 
573 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  25.04 
 
 
521 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.83 
 
 
527 aa  108  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.4 
 
 
520 aa  108  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 
560 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.76 
 
 
522 aa  108  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>