More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6104 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  100 
 
 
521 aa  1086    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.3 
 
 
534 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.1 
 
 
534 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.1 
 
 
534 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3577  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.79 
 
 
506 aa  489  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0954252  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  48.94 
 
 
534 aa  461  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  49.8 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  46.5 
 
 
528 aa  441  9.999999999999999e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  49.8 
 
 
502 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.57 
 
 
516 aa  434  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.98 
 
 
534 aa  434  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.79 
 
 
524 aa  424  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.7 
 
 
520 aa  412  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.26 
 
 
547 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.69 
 
 
518 aa  408  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  44.61 
 
 
494 aa  392  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.64 
 
 
501 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.57 
 
 
512 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.14 
 
 
494 aa  388  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.96 
 
 
512 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  41.67 
 
 
506 aa  386  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.8 
 
 
524 aa  371  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.13 
 
 
526 aa  372  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  42.45 
 
 
489 aa  352  1e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.96 
 
 
506 aa  344  2e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  34.56 
 
 
522 aa  303  7.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0978  hypothetical protein  36.42 
 
 
502 aa  287  2.9999999999999996e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.667371  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.47 
 
 
511 aa  249  8e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.39 
 
 
572 aa  207  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.48 
 
 
563 aa  205  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.02 
 
 
561 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.26 
 
 
504 aa  195  1e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.4 
 
 
573 aa  194  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 
553 aa  186  7e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.78 
 
 
545 aa  168  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 
532 aa  164  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.3 
 
 
527 aa  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.8 
 
 
549 aa  159  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.27 
 
 
531 aa  155  2e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.55 
 
 
572 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.61 
 
 
570 aa  152  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  27.34 
 
 
549 aa  150  4e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.2 
 
 
539 aa  150  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.27 
 
 
522 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 
540 aa  150  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 
544 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.57 
 
 
536 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.88 
 
 
560 aa  147  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.15 
 
 
698 aa  147  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 
545 aa  145  2e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 
539 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.5 
 
 
515 aa  144  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 
539 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 
550 aa  144  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 
539 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.97 
 
 
522 aa  144  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.65 
 
 
522 aa  143  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.65 
 
 
522 aa  143  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  27.34 
 
 
539 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.73 
 
 
522 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.82 
 
 
528 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.5 
 
 
528 aa  141  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.18 
 
 
522 aa  141  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.87 
 
 
586 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.71 
 
 
539 aa  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.54 
 
 
563 aa  138  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 
563 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 
561 aa  138  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.12 
 
 
528 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.51 
 
 
526 aa  138  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  26.68 
 
 
561 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.79 
 
 
582 aa  137  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  29.61 
 
 
563 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  29.61 
 
 
563 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.55 
 
 
566 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  29.61 
 
 
563 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  25.33 
 
 
537 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.51 
 
 
559 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.32 
 
 
523 aa  136  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  25.38 
 
 
596 aa  135  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.75 
 
 
755 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.71 
 
 
539 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.91 
 
 
526 aa  134  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  26.09 
 
 
551 aa  133  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.65 
 
 
574 aa  133  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 
570 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 
534 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0227  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.74 
 
 
592 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.35 
 
 
556 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 
572 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.57 
 
 
534 aa  131  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.78 
 
 
570 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.33 
 
 
539 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.56 
 
 
570 aa  130  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 
527 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  25.52 
 
 
537 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  25.52 
 
 
537 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  25.52 
 
 
537 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.25 
 
 
591 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.33 
 
 
539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>