267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4120 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  75.64 
 
 		 594 aa  952    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.59 
 
 		 594 aa  723    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  77.53 
 
 		 591 aa  983    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.47 
 
 		 594 aa  939    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2565  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  75.64 
 
 		 594 aa  934    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.339235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  96.62 
 
 		 592 aa  1196    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  98.98 
 
 		 592 aa  1222    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  90.02 
 
 		 592 aa  1124    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  57.91 
 
 		 594 aa  718    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.03 
 
 		 591 aa  771    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1164  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  68.92 
 
 		 594 aa  860    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 		 592 aa  1231    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  98.48 
 
 		 592 aa  1214    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  99.83 
 
 		 592 aa  1227    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  75.3 
 
 		 594 aa  947    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  80.24 
 
 		 591 aa  996    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  60.14 
 
 		 592 aa  772    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  98.48 
 
 		 592 aa  1214    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  98.48 
 
 		 592 aa  1214    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2137  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  73.21 
 
 		 593 aa  923    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  80.24 
 
 		 591 aa  996    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  75.64 
 
 		 594 aa  934    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0227  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.34 
 
 		 592 aa  714    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3608  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.61 
 
 		 589 aa  634  1e-180  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0579552  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4244  putative gluconate dehydrogenase  52.15 
 
 		 588 aa  595  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.659751  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3895  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.98 
 
 		 594 aa  578  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.241761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.01 
 
 		 590 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  44.31 
 
 		 596 aa  528  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5399  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.87 
 
 		 586 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.61 
 
 		 589 aa  519  1e-146  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.45 
 
 		 586 aa  502  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  42.61 
 
 		 591 aa  488  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  40.66 
 
 		 573 aa  439  9.999999999999999e-123  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  40.66 
 
 		 573 aa  440  9.999999999999999e-123  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.05 
 
 		 553 aa  232  1e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.41 
 
 		 755 aa  210  5e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.96 
 
 		 550 aa  193  8e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.77 
 
 		 549 aa  190  5e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.62 
 
 		 561 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 		 563 aa  171  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.55 
 
 		 522 aa  164  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 		 572 aa  161  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  25.37 
 
 		 573 aa  157  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.45 
 
 		 522 aa  157  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.26 
 
 		 527 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.05 
 
 		 522 aa  154  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.05 
 
 		 522 aa  154  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.55 
 
 		 522 aa  150  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  28.37 
 
 		 523 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.25 
 
 		 526 aa  149  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.32 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 		 573 aa  144  6e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.67 
 
 		 528 aa  141  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.37 
 
 		 526 aa  140  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.68 
 
 		 528 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.72 
 
 		 527 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 		 522 aa  137  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.3 
 
 		 534 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  25.85 
 
 		 647 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.81 
 
 		 545 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.75 
 
 		 565 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.09 
 
 		 523 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.67 
 
 		 561 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.33 
 
 		 522 aa  135  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.59 
 
 		 545 aa  134  3.9999999999999996e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  26.31 
 
 		 561 aa  133  9e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 		 518 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.81 
 
 		 581 aa  132  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  26.18 
 
 		 522 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.7 
 
 		 579 aa  131  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 		 582 aa  131  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.66 
 
 		 566 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.88 
 
 		 567 aa  128  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  25 
 
 		 565 aa  123  9e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.44 
 
 		 578 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 		 572 aa  121  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.83 
 
 		 556 aa  121  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.43 
 
 		 572 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 579 aa  120  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  26.58 
 
 		 558 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.99 
 
 		 579 aa  119  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.1 
 
 		 531 aa  118  3e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.69 
 
 		 549 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.46 
 
 		 570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.25 
 
 		 533 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.02 
 
 		 548 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.35 
 
 		 584 aa  115  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.83 
 
 		 561 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.22 
 
 		 511 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.48 
 
 		 515 aa  114  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.94 
 
 		 569 aa  114  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.3 
 
 		 556 aa  114  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 		 526 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 566 aa  113  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.22 
 
 		 547 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.62 
 
 		 570 aa  111  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  26.15 
 
 		 570 aa  111  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.92 
 
 		 578 aa  110  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.03 
 
 		 570 aa  110  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  26.39 
 
 		 547 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>