More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5724 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.77 
 
 
570 aa  966    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.57 
 
 
561 aa  689    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  59.54 
 
 
561 aa  677    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.56 
 
 
572 aa  721    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.13 
 
 
574 aa  704    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
573 aa  1197    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.23 
 
 
569 aa  818    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.8 
 
 
570 aa  651    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  58.01 
 
 
565 aa  696    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.97 
 
 
566 aa  655    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.54 
 
 
561 aa  689    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.35 
 
 
565 aa  830    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.43 
 
 
566 aa  784    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.68 
 
 
567 aa  793    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.6 
 
 
582 aa  651    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.77 
 
 
573 aa  631  1e-180  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.77 
 
 
572 aa  628  1e-179  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.89 
 
 
570 aa  612  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.75 
 
 
579 aa  609  1e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  51.92 
 
 
558 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.05 
 
 
570 aa  590  1e-167  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  51.22 
 
 
573 aa  585  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.48 
 
 
569 aa  581  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.17 
 
 
570 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  50.09 
 
 
574 aa  554  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  48.61 
 
 
570 aa  550  1e-155  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.43 
 
 
560 aa  512  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.56 
 
 
563 aa  491  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.6 
 
 
562 aa  476  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 
559 aa  473  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.28 
 
 
563 aa  461  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.39 
 
 
579 aa  256  8e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.28 
 
 
578 aa  250  5e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.04 
 
 
579 aa  249  1e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.17 
 
 
581 aa  234  4.0000000000000004e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  30.6 
 
 
550 aa  225  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.49 
 
 
565 aa  224  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.05 
 
 
578 aa  219  7e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.01 
 
 
584 aa  215  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.15 
 
 
549 aa  204  5e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.45 
 
 
546 aa  200  7e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.45 
 
 
547 aa  199  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.5 
 
 
527 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.87 
 
 
546 aa  196  7e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.32 
 
 
522 aa  193  8e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.78 
 
 
547 aa  192  2e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  29.53 
 
 
528 aa  190  5.999999999999999e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.11 
 
 
527 aa  190  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.69 
 
 
546 aa  189  2e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.4 
 
 
551 aa  187  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 
522 aa  186  7e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.3 
 
 
523 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.16 
 
 
546 aa  185  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.95 
 
 
522 aa  182  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.33 
 
 
573 aa  181  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.4 
 
 
522 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.97 
 
 
553 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.15 
 
 
522 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.15 
 
 
522 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.13 
 
 
522 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  28.86 
 
 
547 aa  173  7.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.98 
 
 
553 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.46 
 
 
522 aa  170  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 
518 aa  170  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 
528 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.13 
 
 
528 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  27.21 
 
 
551 aa  161  3e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.56 
 
 
523 aa  158  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.18 
 
 
573 aa  159  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.48 
 
 
526 aa  155  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.79 
 
 
550 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  26.75 
 
 
573 aa  154  5e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  26.25 
 
 
551 aa  154  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.62 
 
 
545 aa  152  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.9 
 
 
534 aa  150  5e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.86 
 
 
549 aa  148  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.51 
 
 
538 aa  147  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.69 
 
 
549 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.55 
 
 
561 aa  144  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.52 
 
 
526 aa  143  9e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.99 
 
 
544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.85 
 
 
533 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.85 
 
 
533 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.85 
 
 
533 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28 
 
 
556 aa  140  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.36 
 
 
572 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.45 
 
 
563 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.97 
 
 
533 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 
548 aa  136  9e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.22 
 
 
556 aa  136  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.42 
 
 
589 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.9 
 
 
526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.74 
 
 
547 aa  135  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.25 
 
 
552 aa  135  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 
556 aa  134  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.07 
 
 
536 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  27.26 
 
 
591 aa  134  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.01 
 
 
614 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.89 
 
 
540 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.73 
 
 
563 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>