255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2018 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 296 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  83.39 
 
 		 297 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  65.44 
 
 		 276 aa  315  5e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  62.79 
 
 		 309 aa  308  6.999999999999999e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  61.7 
 
 		 296 aa  305  7e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  58 
 
 		 345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  61.7 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  61.17 
 
 		 285 aa  300  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  59.29 
 
 		 294 aa  294  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  58.22 
 
 		 294 aa  281  9e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  57.3 
 
 		 276 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  50.18 
 
 		 269 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  53.65 
 
 		 282 aa  257  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  50 
 
 		 281 aa  244  9.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  43.05 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  42.65 
 
 		 288 aa  198  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  42.96 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  46.47 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  41.67 
 
 		 294 aa  182  7e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  41.34 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  36.56 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  36.27 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  38.4 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  33.79 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  36.4 
 
 		 379 aa  139  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  34.75 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  34.8 
 
 		 357 aa  132  6e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  42.05 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  36.22 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  44.77 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  36.02 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  34.14 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  39.49 
 
 		 298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  34.76 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  34.76 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  38.5 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  39.53 
 
 		 294 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  36.73 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  38.81 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  35.2 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  31.43 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  34 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  32.36 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  37.87 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  33.83 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  29.41 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  37.88 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  30.58 
 
 		 316 aa  99.4  6e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  30.58 
 
 		 316 aa  99.4  6e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  30.58 
 
 		 316 aa  99.4  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  27.54 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  29.63 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  32.08 
 
 		 282 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  36.46 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  29.39 
 
 		 289 aa  92  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  27.17 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  34.64 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  28.21 
 
 		 318 aa  89.7  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  28.45 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  30.4 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  29.15 
 
 		 333 aa  88.2  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  25.35 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  29.23 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  27.61 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  29.39 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  25.88 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  30.86 
 
 		 287 aa  85.5  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  27.86 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.44 
 
 		 280 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  31.07 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  30.38 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  28.63 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  24.56 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  29.56 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  28.16 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  28.83 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  28.04 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  26.41 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  27.7 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  25.91 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  27.21 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  35.71 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  28.76 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  29.65 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.48 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  28.39 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  27.48 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.78 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  25.67 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  31.37 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  27.61 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  28.83 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  28.62 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  31.28 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  33.71 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  31.28 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  32.04 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  34.66 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>