More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2325 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  100 
 
 		 350 aa  714    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  61.81 
 
 		 343 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  59.94 
 
 		 347 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  60.64 
 
 		 347 aa  421  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  57.19 
 
 		 342 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  57.19 
 
 		 342 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  57.19 
 
 		 342 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  57.19 
 
 		 342 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  56.89 
 
 		 368 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  56.29 
 
 		 342 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  55.69 
 
 		 342 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  56.43 
 
 		 319 aa  370  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  54.22 
 
 		 339 aa  368  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  53.24 
 
 		 340 aa  353  4e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  55 
 
 		 308 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  49.71 
 
 		 355 aa  330  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 351 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  35.38 
 
 		 355 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.77 
 
 		 355 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 354 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 354 aa  189  5e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 352 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 352 aa  182  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  32.82 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  31.61 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 351 aa  166  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  31.33 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 369 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 350 aa  162  7e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 355 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 349 aa  159  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 352 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  32.07 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 372 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  28.87 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 378 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.33 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  29.29 
 
 		 340 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 343 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 341 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  28.79 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 352 aa  145  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  40.72 
 
 		 626 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  30.84 
 
 		 334 aa  142  9e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 451 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  29.85 
 
 		 347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  27.33 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  27.5 
 
 		 355 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 504 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 466 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 508 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  39.23 
 
 		 634 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 696 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  27.58 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 352 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 768 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  51.16 
 
 		 404 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 532 aa  133  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 464 aa  133  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.23 
 
 		 496 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 578 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 360 aa  132  9e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 645 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 645 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.7 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.62 
 
 		 477 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 642 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  35.77 
 
 		 346 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.52 
 
 		 355 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 630 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.05 
 
 		 558 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  41.45 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  42.13 
 
 		 977 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>