More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2197 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  100 
 
 		 341 aa  704    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  92.96 
 
 		 341 aa  664    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  92.67 
 
 		 341 aa  663    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  90.91 
 
 		 341 aa  653    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  84.46 
 
 		 341 aa  608  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  81.82 
 
 		 341 aa  587  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  82.11 
 
 		 341 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  81.82 
 
 		 341 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  81.52 
 
 		 341 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  74.19 
 
 		 341 aa  535  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  73.16 
 
 		 341 aa  526  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  70.09 
 
 		 341 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  66.67 
 
 		 339 aa  491  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  71.89 
 
 		 347 aa  489  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  67.35 
 
 		 341 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  62.54 
 
 		 341 aa  463  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  51.33 
 
 		 339 aa  371  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  50.89 
 
 		 337 aa  361  8e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  49.4 
 
 		 337 aa  358  8e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  47.32 
 
 		 340 aa  325  6e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 355 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 351 aa  175  8e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.8 
 
 		 328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 368 aa  161  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.93 
 
 		 355 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 352 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 354 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.04 
 
 		 372 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 354 aa  153  4e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  31.5 
 
 		 355 aa  152  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 355 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 360 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  29.76 
 
 		 339 aa  149  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 350 aa  149  8e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.91 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  31.21 
 
 		 355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 352 aa  146  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 353 aa  145  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.75 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 352 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 355 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  29.93 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  25.93 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 668 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 668 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37.1 
 
 		 425 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  39.89 
 
 		 234 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.19 
 
 		 570 aa  123  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 343 aa  122  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  25.79 
 
 		 353 aa  122  9e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 628 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 359 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.72 
 
 		 458 aa  122  9.999999999999999e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 507 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  36.87 
 
 		 460 aa  120  3e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 516 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  37.29 
 
 		 458 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  26.58 
 
 		 504 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.11 
 
 		 574 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 507 aa  119  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 378 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 427 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  33.95 
 
 		 489 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 259 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1126  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 415 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.926939 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.77 
 
 		 418 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.86 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 366 aa  116  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 263 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 298 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 349 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.14 
 
 		 320 aa  115  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 722 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 395 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.36 
 
 		 772 aa  114  3e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>