More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2834 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  100 
 
 		 355 aa  725    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  76.38 
 
 		 355 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  75.51 
 
 		 355 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  74.63 
 
 		 352 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  77.22 
 
 		 354 aa  534  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  70.71 
 
 		 354 aa  494  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  66.48 
 
 		 355 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  44.35 
 
 		 353 aa  305  7e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 353 aa  290  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 369 aa  288  9e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 369 aa  286  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 352 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 350 aa  244  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 504 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 352 aa  215  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 342 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.39 
 
 		 351 aa  206  6e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 352 aa  203  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 350 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 347 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 342 aa  195  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 		 339 aa  195  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 342 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 352 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.98 
 
 		 319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  34.88 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 343 aa  189  8e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 368 aa  188  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 347 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  32.25 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 360 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  35.13 
 
 		 339 aa  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  33.33 
 
 		 337 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.52 
 
 		 355 aa  178  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 359 aa  177  3e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 348 aa  169  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 340 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 341 aa  162  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.79 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 349 aa  160  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 341 aa  152  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  32.06 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 341 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 341 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 355 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 339 aa  149  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 532 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 753 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 630 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 533 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  35.56 
 
 		 325 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  47.2 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  48.78 
 
 		 457 aa  146  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 402 aa  146  6e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  45.2 
 
 		 457 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.58 
 
 		 418 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 172 aa  144  2e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.63 
 
 		 457 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 452 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.49 
 
 		 843 aa  143  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 631 aa  143  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  38.67 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  31.35 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  45.96 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 452 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 362 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.18 
 
 		 457 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.2 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 523 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  46.47 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 570 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 610 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 648 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 519 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 420 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 		 550 aa  140  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 460 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>