90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4541 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  100 
 
 		 177 aa  349  1e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  58.54 
 
 		 169 aa  201  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  57.58 
 
 		 176 aa  193  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  55.49 
 
 		 176 aa  186  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  52.84 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  57.93 
 
 		 188 aa  178  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  53.5 
 
 		 188 aa  170  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  31.48 
 
 		 162 aa  96.3  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  38.26 
 
 		 178 aa  89.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  31.87 
 
 		 178 aa  81.3  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  27.37 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  38.26 
 
 		 178 aa  78.6  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  38.26 
 
 		 178 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  33.15 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  43.15 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  38.12 
 
 		 186 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  40.28 
 
 		 196 aa  70.9  0.000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  39.33 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  33.15 
 
 		 186 aa  68.2  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  39.31 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  37.06 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  36.26 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  37.24 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  37.5 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  35.76 
 
 		 173 aa  64.3  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  37.16 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  36.36 
 
 		 192 aa  62  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  33.33 
 
 		 174 aa  61.6  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  33.89 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  32.79 
 
 		 195 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  31.64 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  30.22 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  35.37 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  32.57 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  37.04 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.42 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  28.18 
 
 		 187 aa  58.2  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  34.25 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  30.46 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  32.79 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.75 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.81 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  34.62 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  32.19 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  37.69 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  32.35 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  30.17 
 
 		 171 aa  55.1  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  34.57 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  33.71 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  33.52 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  33.51 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.51 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.33 
 
 		 195 aa  54.3  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  29.61 
 
 		 310 aa  53.9  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  32.75 
 
 		 181 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  32.75 
 
 		 181 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  35.86 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  31.38 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  34.81 
 
 		 199 aa  53.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  33.79 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  32.81 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  31.75 
 
 		 199 aa  52.4  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  40.57 
 
 		 181 aa  52.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  35.62 
 
 		 147 aa  52  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  29.33 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  33.79 
 
 		 181 aa  51.2  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  30.5 
 
 		 209 aa  51.6  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.51 
 
 		 195 aa  50.8  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  28 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3589  signal peptidase I  33.33 
 
 		 352 aa  49.7  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  29.07 
 
 		 181 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  31.55 
 
 		 195 aa  49.3  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.33 
 
 		 196 aa  48.9  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0246  type IV secretory protease  35.23 
 
 		 164 aa  48.5  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  32.41 
 
 		 163 aa  48.1  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  30 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0308  type IV secretory protease  32.61 
 
 		 164 aa  46.2  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5374  type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.61 
 
 		 187 aa  45.4  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.705949 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  30.82 
 
 		 168 aa  45.4  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  28.38 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  32.43 
 
 		 172 aa  44.3  0.0009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2165  Type IV secretory pathway protease TraF-like  28.38 
 
 		 174 aa  42.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  29.17 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  24.52 
 
 		 174 aa  42.7  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  36.78 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2322  hypothetical protein  33.33 
 
 		 198 aa  41.6  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0661618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  40.74 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0487  thylakoidal processing peptidase  29.55 
 
 		 220 aa  41.6  0.007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0584817 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1533  hypothetical protein  27.89 
 
 		 194 aa  40.8  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.66536 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6803  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  32.95 
 
 		 169 aa  40.8  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>