33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5374 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5374  type IV secretory pathway protease TraF-like protein  100 
 
 		 187 aa  374  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.705949 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4003  hypothetical protein  61.43 
 
 		 180 aa  174  8e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2165  Type IV secretory pathway protease TraF-like  52.94 
 
 		 174 aa  152  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2322  hypothetical protein  36.11 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0661618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2655  hypothetical protein  34.78 
 
 		 196 aa  64.7  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.364147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6803  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  37.31 
 
 		 169 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  30.06 
 
 		 158 aa  62  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1533  hypothetical protein  33.09 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.66536 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  33.14 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0308  type IV secretory protease  28.74 
 
 		 164 aa  50.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0246  type IV secretory protease  31.18 
 
 		 164 aa  49.3  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4229  signal peptidase I  33.09 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  29.56 
 
 		 187 aa  47.8  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0487  thylakoidal processing peptidase  35.19 
 
 		 220 aa  47.4  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0584817 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.61 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0373  putative pilus assembly protein, TrhF  36.67 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4691  signal peptidase I  34.55 
 
 		 214 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2328  signal peptidase I  30.51 
 
 		 225 aa  43.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  27.65 
 
 		 162 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2330  signal peptidase I  31.15 
 
 		 221 aa  42.7  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000787918  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4484  signal peptidase I  33.93 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.130088 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1621  signal peptidase I  29.91 
 
 		 216 aa  43.1  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.617556  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4420  signal peptidase I  33.93 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  26.43 
 
 		 200 aa  42  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1882  signal peptidase I  30.51 
 
 		 225 aa  42  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  28.47 
 
 		 181 aa  41.6  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  26.79 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0778  signal peptidase I  34.48 
 
 		 191 aa  41.6  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  34.27 
 
 		 172 aa  41.6  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0598  signal peptidase I  32.2 
 
 		 214 aa  41.6  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  29.17 
 
 		 181 aa  41.6  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  30 
 
 		 190 aa  41.6  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1267  signal peptidase I  29.66 
 
 		 222 aa  41.2  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00305059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>