92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3183 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 200 aa  394  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  78.07 
 
 		 188 aa  298  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  76.76 
 
 		 310 aa  286  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  61.85 
 
 		 181 aa  215  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  60.57 
 
 		 181 aa  204  7e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  56.82 
 
 		 186 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  57.23 
 
 		 181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  58.24 
 
 		 181 aa  199  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  55.17 
 
 		 181 aa  197  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  54.91 
 
 		 181 aa  197  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  56.65 
 
 		 201 aa  196  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  54.34 
 
 		 181 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  57.23 
 
 		 181 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  55.17 
 
 		 181 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  56.07 
 
 		 181 aa  193  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  54.86 
 
 		 180 aa  191  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  53.76 
 
 		 181 aa  191  8e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  53.76 
 
 		 181 aa  190  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  54.91 
 
 		 181 aa  189  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  52.02 
 
 		 181 aa  176  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  51.79 
 
 		 171 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  48.75 
 
 		 171 aa  165  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  55.86 
 
 		 192 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  47.98 
 
 		 181 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  47.98 
 
 		 181 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  50.61 
 
 		 180 aa  159  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  51.23 
 
 		 163 aa  158  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  45.05 
 
 		 196 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  47.62 
 
 		 186 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  47.02 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  48.28 
 
 		 192 aa  144  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  45.45 
 
 		 209 aa  142  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  48.55 
 
 		 147 aa  138  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  37.95 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  40.13 
 
 		 192 aa  112  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  34.66 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  34.09 
 
 		 199 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  34.91 
 
 		 191 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  35.06 
 
 		 199 aa  102  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.14 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  33.52 
 
 		 195 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  36.67 
 
 		 203 aa  99  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  41.46 
 
 		 172 aa  99  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.24 
 
 		 199 aa  98.2  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  36.91 
 
 		 174 aa  97.4  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.39 
 
 		 195 aa  97.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  34.09 
 
 		 195 aa  96.3  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  32.95 
 
 		 195 aa  96.3  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.95 
 
 		 195 aa  94.4  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.95 
 
 		 195 aa  91.7  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  32.95 
 
 		 195 aa  91.7  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.07 
 
 		 183 aa  91.3  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35 
 
 		 177 aa  90.1  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.77 
 
 		 203 aa  89  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  32.89 
 
 		 195 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  32.39 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  32.91 
 
 		 168 aa  85.5  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  33.56 
 
 		 199 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.25 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  29.58 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  32.45 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  31.34 
 
 		 175 aa  71.6  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.69 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  32.64 
 
 		 176 aa  67.4  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  32 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.06 
 
 		 176 aa  62  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  31.29 
 
 		 162 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  29.58 
 
 		 178 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.18 
 
 		 177 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  33.33 
 
 		 178 aa  57  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.65 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  33.33 
 
 		 178 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  39.85 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  29.17 
 
 		 174 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  29.14 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  28.48 
 
 		 181 aa  52.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  30.68 
 
 		 177 aa  52.8  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.93 
 
 		 176 aa  51.6  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  29.37 
 
 		 178 aa  50.8  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.74 
 
 		 177 aa  48.5  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12270  signal peptidase I  26.98 
 
 		 173 aa  48.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000081948  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  29.75 
 
 		 190 aa  48.1  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  29.41 
 
 		 190 aa  47  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  32.94 
 
 		 176 aa  46.2  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.33 
 
 		 188 aa  45.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0250  signal peptidase I  31.2 
 
 		 197 aa  45.1  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.904614  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2165  Type IV secretory pathway protease TraF-like  29.92 
 
 		 174 aa  45.1  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  31.91 
 
 		 158 aa  44.3  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5374  type IV secretory pathway protease TraF-like protein  25.16 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.705949 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  29.87 
 
 		 174 aa  42.7  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  28.45 
 
 		 189 aa  41.6  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01715  signal peptidase I  24.7 
 
 		 266 aa  41.6  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>