85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1267 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  100 
 
 		 195 aa  388  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  73.2 
 
 		 195 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  73.71 
 
 		 195 aa  276  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  71.5 
 
 		 199 aa  266  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  71.5 
 
 		 199 aa  264  5e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  70.98 
 
 		 199 aa  263  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  73.41 
 
 		 174 aa  251  6e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  65.46 
 
 		 195 aa  248  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  68.82 
 
 		 203 aa  248  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  68.56 
 
 		 195 aa  246  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  70.1 
 
 		 195 aa  246  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  69.59 
 
 		 195 aa  244  4e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  66.32 
 
 		 191 aa  242  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  67.68 
 
 		 199 aa  239  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  67.53 
 
 		 195 aa  235  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  67.53 
 
 		 195 aa  235  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  69.04 
 
 		 203 aa  232  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  72.67 
 
 		 199 aa  230  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  67.93 
 
 		 203 aa  228  6e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  66.3 
 
 		 183 aa  226  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  55.17 
 
 		 177 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  42.31 
 
 		 181 aa  122  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  37.93 
 
 		 181 aa  121  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  39.74 
 
 		 181 aa  120  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  44.74 
 
 		 192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  40.13 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  41.52 
 
 		 196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  39.74 
 
 		 181 aa  112  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  37.27 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  36.78 
 
 		 181 aa  111  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  46.31 
 
 		 192 aa  111  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  39.41 
 
 		 173 aa  111  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  36.42 
 
 		 181 aa  111  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  37.43 
 
 		 181 aa  109  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  41.67 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  41.61 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  40 
 
 		 180 aa  105  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  36.78 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  36.78 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  34.12 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  42.67 
 
 		 147 aa  102  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  36.59 
 
 		 186 aa  102  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  35.67 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  36.84 
 
 		 171 aa  99.4  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  33.33 
 
 		 181 aa  99.8  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  33.9 
 
 		 186 aa  98.6  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  39.11 
 
 		 199 aa  98.6  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  33.92 
 
 		 171 aa  97.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  36.36 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  34.91 
 
 		 310 aa  96.3  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  37.18 
 
 		 181 aa  91.3  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  32.6 
 
 		 188 aa  90.5  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  32.39 
 
 		 201 aa  89.4  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  32.89 
 
 		 163 aa  88.2  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  32.21 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  41.5 
 
 		 172 aa  87  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  32.89 
 
 		 181 aa  85.9  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  33.33 
 
 		 168 aa  83.6  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  36.3 
 
 		 179 aa  82  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  34.44 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  31.91 
 
 		 175 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  31.58 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.81 
 
 		 169 aa  67.4  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.72 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.57 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  31.45 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.85 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.91 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.22 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0373  putative pilus assembly protein, TrhF  36.9 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  34.4 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.08 
 
 		 177 aa  52.4  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.12 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  32.8 
 
 		 178 aa  49.3  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  32.8 
 
 		 178 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  32 
 
 		 184 aa  45.8  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  30.37 
 
 		 207 aa  44.7  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  27.93 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  26.98 
 
 		 272 aa  44.3  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  40 
 
 		 174 aa  44.7  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  26.49 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  29.55 
 
 		 162 aa  42.4  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.95 
 
 		 196 aa  42.4  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  29.84 
 
 		 177 aa  42.4  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  27.04 
 
 		 181 aa  41.6  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>