79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene XfasM23_2247 on replicon NC_010579
Organism: Xylella fastidiosa M23



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  100 
 
 
178 aa  359  1e-98  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  57.3 
 
 
178 aa  210  7e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  59.55 
 
 
178 aa  202  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  59.55 
 
 
178 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  56.89 
 
 
174 aa  201  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.07 
 
 
188 aa  87  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.79 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  31.29 
 
 
162 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.87 
 
 
177 aa  81.3  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.73 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.48 
 
 
177 aa  69.7  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  28.29 
 
 
188 aa  68.6  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  31.03 
 
 
179 aa  66.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  28.26 
 
 
177 aa  63.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.14 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  27.39 
 
 
174 aa  60.5  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  26.7 
 
 
186 aa  55.1  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  32.52 
 
 
171 aa  55.1  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  29.73 
 
 
175 aa  54.3  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  30.77 
 
 
192 aa  53.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.56 
 
 
147 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  29.71 
 
 
173 aa  52  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  30.56 
 
 
176 aa  50.8  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  29.37 
 
 
200 aa  50.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.21 
 
 
177 aa  50.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0878  hypothetical protein  25.16 
 
 
154 aa  50.4  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1172  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  25 
 
 
155 aa  49.7  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  28.47 
 
 
181 aa  49.3  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  32.35 
 
 
220 aa  48.9  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  27.93 
 
 
188 aa  48.9  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  30.07 
 
 
180 aa  48.9  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  31.13 
 
 
174 aa  48.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  26.39 
 
 
163 aa  47.8  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2328  signal peptidase I  29.89 
 
 
225 aa  47.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.08 
 
 
199 aa  46.6  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  25.15 
 
 
181 aa  47  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  28.24 
 
 
191 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  25.69 
 
 
181 aa  46.6  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1267  signal peptidase I  27.59 
 
 
222 aa  46.2  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00305059  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  28.98 
 
 
203 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  31.39 
 
 
192 aa  46.6  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1621  signal peptidase I  28.74 
 
 
216 aa  46.2  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.617556  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  28.49 
 
 
310 aa  45.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  27.78 
 
 
181 aa  46.2  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1882  signal peptidase I  29.89 
 
 
225 aa  46.2  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2402  signal peptidase I  31.58 
 
 
214 aa  45.8  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000528092  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  27.59 
 
 
192 aa  45.8  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  28.47 
 
 
181 aa  45.4  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.12 
 
 
195 aa  45.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  28.98 
 
 
181 aa  45.4  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0073  signal peptidase I  22.83 
 
 
183 aa  45.1  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  30.19 
 
 
199 aa  45.4  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  28.08 
 
 
187 aa  45.1  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  26.09 
 
 
201 aa  44.7  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  27.53 
 
 
199 aa  44.7  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  27.59 
 
 
168 aa  44.7  0.0008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1007  signal peptidase I  22.58 
 
 
190 aa  44.3  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.680167  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  27.93 
 
 
195 aa  44.3  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  24.79 
 
 
190 aa  44.3  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  29.01 
 
 
180 aa  44.3  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  29.33 
 
 
181 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2330  signal peptidase I  28.74 
 
 
221 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000787918  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  28.09 
 
 
195 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  28.48 
 
 
183 aa  43.9  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2504  signal peptidase I  27.59 
 
 
219 aa  43.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000062636  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.74 
 
 
195 aa  42.4  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  29.81 
 
 
199 aa  42.7  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  29.57 
 
 
195 aa  42.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.27 
 
 
195 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  32.5 
 
 
199 aa  42.4  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.57 
 
 
195 aa  42.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  28.97 
 
 
196 aa  42  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  30.77 
 
 
195 aa  42  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  32.58 
 
 
184 aa  42  0.004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  28.79 
 
 
171 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  28.68 
 
 
209 aa  41.6  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.81 
 
 
203 aa  41.2  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  27.21 
 
 
193 aa  40.8  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  24.4 
 
 
181 aa  40.8  0.01  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>