72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1416 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 181 aa  370  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  96.13 
 
 		 181 aa  358  2e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  87.71 
 
 		 196 aa  328  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  32.73 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  31.51 
 
 		 173 aa  70.9  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  32.24 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  33.55 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  31.76 
 
 		 199 aa  64.3  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  33.12 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  32.43 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  35.81 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  30 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32 
 
 		 169 aa  60.5  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  30 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  30.52 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  30.07 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.28 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.33 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  30.46 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  32.21 
 
 		 163 aa  57.4  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  32.67 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.37 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  29.01 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  30.41 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  29.73 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  30.46 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  29.14 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  28.82 
 
 		 177 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.72 
 
 		 172 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.63 
 
 		 147 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  28.48 
 
 		 200 aa  52.8  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  29.66 
 
 		 192 aa  52  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  29.41 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  29.41 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.33 
 
 		 177 aa  51.6  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  28.48 
 
 		 174 aa  51.6  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  26.9 
 
 		 209 aa  50.8  0.000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  28.76 
 
 		 181 aa  50.8  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  30.12 
 
 		 199 aa  49.7  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  27.54 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  27.33 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  26.88 
 
 		 203 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  30.12 
 
 		 199 aa  49.3  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.52 
 
 		 195 aa  48.5  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  29.61 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  29.52 
 
 		 195 aa  48.5  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  28.67 
 
 		 174 aa  48.5  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  26.75 
 
 		 180 aa  47.8  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.11 
 
 		 199 aa  47.8  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  27.85 
 
 		 199 aa  47.8  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  28.74 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  25 
 
 		 168 aa  46.6  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  27.54 
 
 		 195 aa  45.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  25.41 
 
 		 186 aa  45.4  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  30.67 
 
 		 183 aa  44.3  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30 
 
 		 177 aa  44.3  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  32.65 
 
 		 191 aa  44.3  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1091  conjugation signal peptidase TraF, putative  29.41 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.832748  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  25.44 
 
 		 192 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  26.16 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  27.03 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  26.8 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  27.46 
 
 		 188 aa  42.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  28.31 
 
 		 195 aa  42.4  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  27.72 
 
 		 203 aa  42  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  25.9 
 
 		 220 aa  42  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.85 
 
 		 195 aa  41.6  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  27.04 
 
 		 195 aa  41.6  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  25.29 
 
 		 177 aa  41.2  0.008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  24.03 
 
 		 186 aa  41.2  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  27.22 
 
 		 199 aa  40.8  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  30.1 
 
 		 195 aa  40.8  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>