93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0454 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  100 
 
 		 195 aa  383  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  83.59 
 
 		 195 aa  313  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  81.41 
 
 		 199 aa  301  3.0000000000000004e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  80.9 
 
 		 199 aa  301  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  81.54 
 
 		 195 aa  288  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  75.9 
 
 		 195 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  76.38 
 
 		 199 aa  286  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  79.49 
 
 		 195 aa  282  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  78.46 
 
 		 195 aa  279  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  78.46 
 
 		 195 aa  278  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  78.46 
 
 		 195 aa  278  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  81.28 
 
 		 203 aa  276  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  73.2 
 
 		 195 aa  276  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  76.88 
 
 		 191 aa  272  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  71.43 
 
 		 203 aa  271  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  73.2 
 
 		 199 aa  257  6e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  74.14 
 
 		 174 aa  252  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  76.5 
 
 		 203 aa  250  9.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  76.54 
 
 		 199 aa  240  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  67.39 
 
 		 183 aa  228  6e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  55 
 
 		 177 aa  168  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  43.59 
 
 		 181 aa  123  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  38.51 
 
 		 181 aa  122  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  43.82 
 
 		 173 aa  120  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  41.42 
 
 		 181 aa  119  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  41.03 
 
 		 180 aa  117  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  44.74 
 
 		 192 aa  116  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  45.64 
 
 		 192 aa  115  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  38.73 
 
 		 181 aa  114  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  39.49 
 
 		 181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  39.88 
 
 		 181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  38.85 
 
 		 181 aa  111  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  40 
 
 		 186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  46.58 
 
 		 147 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  42.95 
 
 		 209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  42.16 
 
 		 199 aa  108  6e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  36.72 
 
 		 181 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  44.24 
 
 		 196 aa  107  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  40 
 
 		 181 aa  107  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  38.06 
 
 		 181 aa  104  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  38.06 
 
 		 181 aa  104  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  36.65 
 
 		 181 aa  104  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  37.21 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  36.72 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  34.64 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  36.78 
 
 		 186 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  35.23 
 
 		 188 aa  101  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  39.33 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  38.1 
 
 		 163 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  35.76 
 
 		 192 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  34.48 
 
 		 181 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  35.59 
 
 		 180 aa  97.4  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  38 
 
 		 181 aa  95.5  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  39.33 
 
 		 179 aa  94.4  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  35.33 
 
 		 200 aa  94  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  40.67 
 
 		 176 aa  89.4  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  42.18 
 
 		 172 aa  88.2  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  35.93 
 
 		 168 aa  87.4  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  35.33 
 
 		 181 aa  85.9  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  34.75 
 
 		 175 aa  85.5  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  34.09 
 
 		 201 aa  85.9  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  32.75 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  33.95 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.28 
 
 		 187 aa  65.5  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.96 
 
 		 177 aa  62.4  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.24 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.21 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.42 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  39.77 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.41 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  27.22 
 
 		 174 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.51 
 
 		 177 aa  50.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0373  putative pilus assembly protein, TrhF  33.33 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.12 
 
 		 188 aa  49.7  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  29.28 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  40.51 
 
 		 174 aa  49.7  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  29.17 
 
 		 207 aa  48.9  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  36.26 
 
 		 189 aa  48.9  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  29.34 
 
 		 181 aa  49.3  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  38.71 
 
 		 178 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  38.71 
 
 		 178 aa  49.3  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  28.74 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  31.85 
 
 		 177 aa  46.6  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  29.12 
 
 		 178 aa  45.4  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  36.17 
 
 		 184 aa  45.4  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  35.11 
 
 		 158 aa  44.7  0.0009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0662  signal peptidase I  35.42 
 
 		 174 aa  44.7  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00185516  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4209  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  26.95 
 
 		 168 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000149258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  27.42 
 
 		 272 aa  43.9  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  34.21 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  26.95 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1383  signal peptidase I  29.55 
 
 		 188 aa  42.4  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00010466  normal  0.416306 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2862  signal peptidase I  28.68 
 
 		 156 aa  41.6  0.007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>