100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3080 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 181 aa  358  3e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  76.24 
 
 		 181 aa  288  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  66.67 
 
 		 201 aa  240  7.999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  63.54 
 
 		 181 aa  236  9e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  62.98 
 
 		 181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  64.09 
 
 		 181 aa  232  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  62.43 
 
 		 181 aa  231  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  64.64 
 
 		 181 aa  229  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  61.88 
 
 		 181 aa  225  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  62.98 
 
 		 181 aa  222  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  63.54 
 
 		 181 aa  219  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  58.56 
 
 		 180 aa  218  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  58.56 
 
 		 181 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  60.44 
 
 		 181 aa  205  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  54.7 
 
 		 181 aa  202  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  54.7 
 
 		 181 aa  202  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  54.44 
 
 		 181 aa  196  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  57.06 
 
 		 188 aa  193  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  56.65 
 
 		 310 aa  191  4e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  56.58 
 
 		 186 aa  188  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  55.28 
 
 		 200 aa  179  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  51.38 
 
 		 181 aa  171  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  52.07 
 
 		 171 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  51.22 
 
 		 171 aa  166  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  51.52 
 
 		 180 aa  164  8e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  50.31 
 
 		 163 aa  162  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  55.17 
 
 		 186 aa  161  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  52.94 
 
 		 192 aa  157  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  47.9 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  49.12 
 
 		 209 aa  148  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  49.02 
 
 		 192 aa  147  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  48.17 
 
 		 196 aa  142  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  46.1 
 
 		 147 aa  130  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  42.86 
 
 		 173 aa  122  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  45.89 
 
 		 191 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  43.04 
 
 		 195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  43.23 
 
 		 199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.32 
 
 		 183 aa  114  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  42.41 
 
 		 199 aa  114  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  42.11 
 
 		 199 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  41.18 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  42.04 
 
 		 199 aa  111  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  41.77 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  40.38 
 
 		 174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.98 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  37.43 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  48.92 
 
 		 172 aa  109  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.64 
 
 		 203 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  39.74 
 
 		 195 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.72 
 
 		 195 aa  107  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  37.85 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  43.95 
 
 		 192 aa  105  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.51 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  40.51 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  37.36 
 
 		 203 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  38.16 
 
 		 203 aa  101  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.93 
 
 		 177 aa  89.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  34.59 
 
 		 168 aa  81.3  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  29.66 
 
 		 179 aa  80.5  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.82 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  31.61 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  33.56 
 
 		 220 aa  70.9  0.000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  33.33 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  39.02 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  28.26 
 
 		 175 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.37 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.09 
 
 		 169 aa  62.8  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.37 
 
 		 177 aa  59.7  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.33 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1172  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  26.85 
 
 		 155 aa  58.2  0.00000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.64 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  33.58 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  33.58 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  31.25 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  34.35 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  32.41 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  31.51 
 
 		 174 aa  53.9  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  28.76 
 
 		 181 aa  50.8  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  30.92 
 
 		 177 aa  50.8  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  28.57 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  26.75 
 
 		 196 aa  48.1  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0878  hypothetical protein  22.22 
 
 		 154 aa  48.1  0.00006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.11 
 
 		 188 aa  47.8  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  28.22 
 
 		 158 aa  47  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  25.15 
 
 		 178 aa  47  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  31.9 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  29.67 
 
 		 189 aa  45.4  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  30.77 
 
 		 176 aa  45.4  0.0005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  31.4 
 
 		 190 aa  45.1  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3637  signal peptidase I  23.7 
 
 		 325 aa  44.3  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.034698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5885  predicted protein  27.91 
 
 		 199 aa  43.5  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12270  signal peptidase I  29 
 
 		 173 aa  43.1  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000081948  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0600  signal peptidase I  21.79 
 
 		 322 aa  42.4  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000224318 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  29.47 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  28.18 
 
 		 190 aa  42.4  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0308  type IV secretory protease  26.47 
 
 		 164 aa  41.6  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3025  signal peptidase I  32.17 
 
 		 248 aa  41.6  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0226835  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4839  signal peptidase I  30 
 
 		 209 aa  41.2  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0478  thylakoidal processing peptidase  30.08 
 
 		 203 aa  41.2  0.008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  30.69 
 
 		 184 aa  41.2  0.008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>