95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1819 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  100 
 
 		 192 aa  383  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  42.86 
 
 		 173 aa  119  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.52 
 
 		 147 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  39.62 
 
 		 181 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  41.96 
 
 		 192 aa  112  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  38.65 
 
 		 186 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  40.52 
 
 		 200 aa  110  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  39.76 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  41.67 
 
 		 181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  40.24 
 
 		 209 aa  108  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  40.25 
 
 		 181 aa  108  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.97 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  39.26 
 
 		 186 aa  105  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  39.19 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  43.45 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  41.89 
 
 		 181 aa  106  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  36.36 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  41.73 
 
 		 181 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  40.25 
 
 		 181 aa  104  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  41.1 
 
 		 181 aa  104  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  36.97 
 
 		 188 aa  104  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  43.07 
 
 		 192 aa  103  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  36.31 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.36 
 
 		 195 aa  102  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  35.2 
 
 		 195 aa  101  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  37.7 
 
 		 191 aa  101  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  36.75 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  36.94 
 
 		 163 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  37.5 
 
 		 195 aa  99.8  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  38.69 
 
 		 179 aa  99.4  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  36.09 
 
 		 195 aa  99.4  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  36.81 
 
 		 180 aa  99  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  39.39 
 
 		 196 aa  98.6  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  37.65 
 
 		 168 aa  98.6  4e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  34.55 
 
 		 199 aa  98.6  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  38.1 
 
 		 181 aa  98.6  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  34.87 
 
 		 203 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  35.44 
 
 		 171 aa  95.5  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  40.51 
 
 		 199 aa  94.7  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.66 
 
 		 199 aa  94.7  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  39.58 
 
 		 181 aa  94.7  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  39.58 
 
 		 181 aa  94.7  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  37.18 
 
 		 181 aa  94.4  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.47 
 
 		 177 aa  94.4  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  37.34 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  37.84 
 
 		 201 aa  94  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  37.58 
 
 		 181 aa  93.2  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  35.85 
 
 		 181 aa  92.8  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  39.44 
 
 		 195 aa  91.7  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.12 
 
 		 195 aa  90.1  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  36.97 
 
 		 195 aa  86.7  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.48 
 
 		 203 aa  85.5  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  35.95 
 
 		 203 aa  85.1  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  35.36 
 
 		 199 aa  84.3  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  32.73 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  32.12 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  37.22 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.22 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  37.24 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  32.45 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.44 
 
 		 183 aa  74.3  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  36.43 
 
 		 172 aa  72.8  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  35.04 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  31.34 
 
 		 175 aa  68.2  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  32.39 
 
 		 178 aa  65.1  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  30.73 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1211  Signal peptidase I  28.38 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0257047  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  33.33 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  33.33 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  30.77 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1172  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  24.24 
 
 		 155 aa  51.6  0.000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.4 
 
 		 177 aa  49.3  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2062  Signal peptidase I  30.08 
 
 		 201 aa  48.9  0.00004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  24.42 
 
 		 174 aa  48.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  31.51 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0878  hypothetical protein  24.26 
 
 		 154 aa  47.8  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.08 
 
 		 188 aa  46.2  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.34 
 
 		 177 aa  45.8  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5885  predicted protein  26.05 
 
 		 199 aa  45.4  0.0005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.87 
 
 		 196 aa  45.1  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  25.22 
 
 		 190 aa  44.7  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  25.42 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3104  Signal peptidase I U  29.67 
 
 		 183 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4088  signal peptidase I  29.82 
 
 		 187 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3122  Signal peptidase I U  29.67 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000326894  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3099  Signal peptidase I U  29.67 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0167599  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1641  signal peptidase I  27.87 
 
 		 185 aa  42.4  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000347267  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2812  signal peptidase I  29.67 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2851  signal peptidase I  29.67 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369909  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2884  Signal peptidase I U  29.67 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0198691  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3025  signal peptidase I  26.67 
 
 		 248 aa  42  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0226835  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3123  Signal peptidase I U  29.67 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.028916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47370  putative signal peptidase  28.95 
 
 		 179 aa  41.6  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.627585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2146  Signal peptidase I U  28.57 
 
 		 183 aa  41.2  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3090  Signal peptidase I U  28.57 
 
 		 183 aa  41.2  0.01  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>