88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3349 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  100 
 
 		 171 aa  343  7e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  54.39 
 
 		 171 aa  195  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  54.09 
 
 		 201 aa  175  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  59.71 
 
 		 181 aa  174  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  50 
 
 		 180 aa  171  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  57.25 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  51.22 
 
 		 181 aa  166  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  50.61 
 
 		 181 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  56.83 
 
 		 192 aa  165  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  50 
 
 		 181 aa  164  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  48.7 
 
 		 200 aa  163  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  48.78 
 
 		 310 aa  163  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  56.52 
 
 		 181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  55.07 
 
 		 181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  47.9 
 
 		 188 aa  162  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  51.55 
 
 		 181 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  53.24 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  52.82 
 
 		 181 aa  162  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  49.7 
 
 		 181 aa  161  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  53.24 
 
 		 180 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  48.78 
 
 		 181 aa  159  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  50.35 
 
 		 163 aa  159  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  49.7 
 
 		 186 aa  159  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  49.39 
 
 		 181 aa  158  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  53.24 
 
 		 181 aa  155  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  52.48 
 
 		 181 aa  152  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  44.44 
 
 		 181 aa  151  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  44.44 
 
 		 181 aa  151  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  50 
 
 		 199 aa  145  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  50.36 
 
 		 196 aa  143  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  52.52 
 
 		 209 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  48.55 
 
 		 192 aa  134  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  47.86 
 
 		 147 aa  134  7.000000000000001e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  43.75 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.7 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  38.29 
 
 		 199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  48.2 
 
 		 172 aa  107  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  38.95 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  40.12 
 
 		 195 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  40.74 
 
 		 191 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.95 
 
 		 177 aa  104  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.21 
 
 		 195 aa  103  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  38.32 
 
 		 174 aa  102  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  36.84 
 
 		 195 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  37.72 
 
 		 195 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  39.46 
 
 		 199 aa  97.8  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  37.21 
 
 		 195 aa  97.4  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  39.41 
 
 		 203 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.21 
 
 		 195 aa  97.1  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  37.21 
 
 		 195 aa  97.1  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  38.1 
 
 		 203 aa  95.1  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  35.44 
 
 		 192 aa  95.1  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.81 
 
 		 183 aa  94.7  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40 
 
 		 203 aa  92.4  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  36.63 
 
 		 195 aa  91.7  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.63 
 
 		 195 aa  91.7  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  38.24 
 
 		 199 aa  91.3  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  35.29 
 
 		 179 aa  84  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  35.51 
 
 		 175 aa  82.4  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  35.97 
 
 		 168 aa  80.9  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  31.03 
 
 		 187 aa  72  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  33.57 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  33.99 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.33 
 
 		 169 aa  63.9  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.81 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  28.93 
 
 		 220 aa  62  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  27.01 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  30.82 
 
 		 162 aa  57.4  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.36 
 
 		 177 aa  57  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.72 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.19 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  32.52 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  27.33 
 
 		 177 aa  53.9  0.0000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.49 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.17 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  33.82 
 
 		 178 aa  49.3  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  33.82 
 
 		 178 aa  49.3  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  29.69 
 
 		 178 aa  48.1  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  28.26 
 
 		 158 aa  47.4  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  26.95 
 
 		 196 aa  47  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0937  putative type IV secretory protease  25.85 
 
 		 167 aa  46.2  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.320644  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  27.03 
 
 		 190 aa  46.2  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  28.93 
 
 		 190 aa  44.7  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  27.03 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6803  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.15 
 
 		 169 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  27.15 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1804  signal peptidase I  24.07 
 
 		 178 aa  40.8  0.01  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0785426  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4719  signal peptidase I  26.97 
 
 		 389 aa  40.8  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.898955  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>