87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3845 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  100 
 
 		 186 aa  377  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  63.28 
 
 		 181 aa  234  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  59.88 
 
 		 186 aa  211  5.999999999999999e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  57.22 
 
 		 310 aa  206  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  58.75 
 
 		 200 aa  201  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  62.09 
 
 		 181 aa  198  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  55.68 
 
 		 188 aa  197  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  56.32 
 
 		 181 aa  195  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  61.18 
 
 		 181 aa  194  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  53.07 
 
 		 181 aa  192  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  53.07 
 
 		 181 aa  192  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  53.09 
 
 		 181 aa  189  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  56.58 
 
 		 181 aa  188  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  54.88 
 
 		 181 aa  187  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  52.47 
 
 		 181 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  53.49 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  50.28 
 
 		 180 aa  185  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  55.26 
 
 		 181 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  50.29 
 
 		 181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  51.16 
 
 		 181 aa  177  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  51.16 
 
 		 181 aa  177  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  55.92 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  47.34 
 
 		 171 aa  164  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  53.15 
 
 		 163 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  53.24 
 
 		 171 aa  162  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  49.66 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  43.6 
 
 		 196 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  46.67 
 
 		 199 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  51.97 
 
 		 192 aa  145  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  52.52 
 
 		 192 aa  144  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  44.59 
 
 		 180 aa  139  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.32 
 
 		 147 aa  132  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  48.55 
 
 		 209 aa  128  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  44.64 
 
 		 173 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  39.22 
 
 		 192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.78 
 
 		 195 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  37.93 
 
 		 195 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  38.29 
 
 		 199 aa  102  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  42.96 
 
 		 172 aa  101  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  38.6 
 
 		 174 aa  101  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  37.08 
 
 		 199 aa  100  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  37.57 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.94 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.95 
 
 		 199 aa  99  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  33.9 
 
 		 195 aa  98.6  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  40.13 
 
 		 191 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  37.58 
 
 		 203 aa  97.1  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  34.78 
 
 		 195 aa  93.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  36.21 
 
 		 195 aa  93.6  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.91 
 
 		 177 aa  92  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.83 
 
 		 195 aa  91.7  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  39.46 
 
 		 203 aa  91.3  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.91 
 
 		 183 aa  90.5  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  33.56 
 
 		 179 aa  87.8  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  35.63 
 
 		 195 aa  87  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.63 
 
 		 195 aa  87  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.81 
 
 		 203 aa  87  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  36.91 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  31.48 
 
 		 168 aa  77.8  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.49 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  29.48 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  31.91 
 
 		 175 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.15 
 
 		 177 aa  68.2  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  30.23 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  31.75 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  31.16 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  31.94 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  34.93 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  34.93 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.81 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.33 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  27.07 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  30.67 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  26.7 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.28 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.94 
 
 		 169 aa  52.8  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.86 
 
 		 188 aa  52.4  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12270  signal peptidase I  32.71 
 
 		 173 aa  49.3  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000081948  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  29.82 
 
 		 190 aa  47.8  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5885  predicted protein  29.63 
 
 		 199 aa  43.9  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0250  signal peptidase I  33.33 
 
 		 197 aa  44.3  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.904614  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.61 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  26.32 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  27.27 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  28.57 
 
 		 176 aa  42.4  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  26.58 
 
 		 174 aa  41.2  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  24.03 
 
 		 181 aa  41.2  0.01  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>