85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1988 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  100 
 
 		 195 aa  381  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  84.7 
 
 		 203 aa  307  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  81.44 
 
 		 199 aa  298  4e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  77.95 
 
 		 195 aa  293  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  78.35 
 
 		 199 aa  293  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  84.7 
 
 		 203 aa  289  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  75.9 
 
 		 195 aa  288  5.0000000000000004e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  75.26 
 
 		 199 aa  281  3.0000000000000004e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  77.95 
 
 		 195 aa  279  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  77.95 
 
 		 195 aa  278  5e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  74.74 
 
 		 199 aa  277  6e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  77.95 
 
 		 195 aa  277  9e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  77.95 
 
 		 195 aa  277  9e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  86.42 
 
 		 199 aa  275  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  76.41 
 
 		 195 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  78.74 
 
 		 174 aa  271  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  73.2 
 
 		 191 aa  254  6e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  65.46 
 
 		 195 aa  248  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  70.71 
 
 		 203 aa  236  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  65.41 
 
 		 183 aa  208  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  51.69 
 
 		 177 aa  152  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  41.62 
 
 		 181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  43.23 
 
 		 181 aa  121  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  44.64 
 
 		 181 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  46.98 
 
 		 192 aa  114  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  40.46 
 
 		 181 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  40.76 
 
 		 181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  41.03 
 
 		 180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  44.44 
 
 		 192 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  38.71 
 
 		 181 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  45.64 
 
 		 209 aa  111  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  38.73 
 
 		 181 aa  111  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  42.29 
 
 		 186 aa  110  9e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  42.13 
 
 		 173 aa  109  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  39.74 
 
 		 181 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  39.38 
 
 		 181 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  42.77 
 
 		 196 aa  105  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  39.61 
 
 		 181 aa  104  8e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  39.61 
 
 		 181 aa  104  8e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  37.57 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.89 
 
 		 147 aa  103  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  39.61 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  37.57 
 
 		 186 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  36.72 
 
 		 310 aa  99.4  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  37.72 
 
 		 171 aa  99.4  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  37.29 
 
 		 180 aa  98.2  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  36.97 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  38.51 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  43.4 
 
 		 199 aa  97.4  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  36.73 
 
 		 163 aa  96.3  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  35.43 
 
 		 171 aa  96.7  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  39.33 
 
 		 179 aa  96.7  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  36 
 
 		 200 aa  95.9  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  33.71 
 
 		 188 aa  95.5  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  37.25 
 
 		 181 aa  94.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  37.97 
 
 		 201 aa  91.7  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  43.54 
 
 		 172 aa  90.1  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  32.95 
 
 		 168 aa  87  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  35.33 
 
 		 181 aa  85.5  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  34.52 
 
 		 193 aa  85.5  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  33.33 
 
 		 175 aa  85.5  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  36.67 
 
 		 176 aa  74.3  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.42 
 
 		 177 aa  68.2  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.26 
 
 		 187 aa  64.3  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  30.19 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.79 
 
 		 177 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  37.74 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.77 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.14 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  26.86 
 
 		 174 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  35.85 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  35.85 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.61 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  30.16 
 
 		 177 aa  47.4  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  27.27 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  27.64 
 
 		 272 aa  47  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.47 
 
 		 188 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  38.46 
 
 		 174 aa  44.7  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  27.27 
 
 		 178 aa  42.7  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0600  signal peptidase I  24.66 
 
 		 322 aa  42.4  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000224318 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0184  signal peptidase I  35.05 
 
 		 208 aa  42  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  33.33 
 
 		 162 aa  42  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  34.12 
 
 		 189 aa  42  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  31.75 
 
 		 176 aa  41.6  0.007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  27.85 
 
 		 181 aa  41.6  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>