85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0978 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  100 
 
 		 209 aa  420  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  68.29 
 
 		 180 aa  227  9e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  54.22 
 
 		 181 aa  177  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  55.76 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  52.1 
 
 		 201 aa  169  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  53.94 
 
 		 181 aa  167  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  50 
 
 		 181 aa  161  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  53.33 
 
 		 181 aa  161  8.000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  50 
 
 		 181 aa  157  9e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  51.81 
 
 		 181 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  49.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  49.7 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  50 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  49.38 
 
 		 163 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  47.93 
 
 		 181 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  53.15 
 
 		 192 aa  148  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  49.12 
 
 		 181 aa  148  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  47.88 
 
 		 181 aa  148  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  47.85 
 
 		 310 aa  144  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  46.71 
 
 		 188 aa  139  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  52.52 
 
 		 171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  45.73 
 
 		 181 aa  138  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  46.95 
 
 		 180 aa  137  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  45.73 
 
 		 181 aa  137  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  55.56 
 
 		 192 aa  137  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  46.41 
 
 		 200 aa  136  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  42.86 
 
 		 171 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  44.1 
 
 		 173 aa  134  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  48.19 
 
 		 196 aa  132  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  44.85 
 
 		 181 aa  129  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  48.55 
 
 		 186 aa  128  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  48.08 
 
 		 199 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  42.35 
 
 		 186 aa  122  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  46.53 
 
 		 147 aa  121  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  45.91 
 
 		 191 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  43.64 
 
 		 174 aa  113  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  45.64 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.64 
 
 		 195 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  42.95 
 
 		 195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  41.62 
 
 		 199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  44.97 
 
 		 199 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  43.92 
 
 		 199 aa  108  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  44.3 
 
 		 195 aa  108  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  40.76 
 
 		 192 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  51.8 
 
 		 172 aa  106  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  43.62 
 
 		 203 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  41.61 
 
 		 195 aa  105  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  45.64 
 
 		 195 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  41.61 
 
 		 203 aa  103  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  44.3 
 
 		 195 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  43.62 
 
 		 195 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  43.62 
 
 		 195 aa  96.3  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  43.62 
 
 		 195 aa  96.3  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  42.18 
 
 		 183 aa  95.5  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.58 
 
 		 177 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  42.28 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  43.15 
 
 		 203 aa  93.6  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  31.61 
 
 		 176 aa  84.3  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  35.07 
 
 		 175 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  34.67 
 
 		 179 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  32.53 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  34.44 
 
 		 168 aa  78.2  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  33.33 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  32.12 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.36 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  38.18 
 
 		 177 aa  61.6  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.33 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.11 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  32.1 
 
 		 158 aa  53.9  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0184  signal peptidase I  34.62 
 
 		 208 aa  52  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.5 
 
 		 177 aa  51.6  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.5 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  26.9 
 
 		 181 aa  51.2  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  26.9 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  28.28 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1533  hypothetical protein  30.23 
 
 		 194 aa  48.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.66536 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  27.12 
 
 		 272 aa  48.1  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  28.47 
 
 		 162 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.91 
 
 		 188 aa  44.7  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  29.27 
 
 		 184 aa  44.3  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  29.93 
 
 		 178 aa  43.1  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0662  signal peptidase I  32.65 
 
 		 174 aa  42.7  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00185516  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  28.68 
 
 		 178 aa  41.6  0.008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1649  peptidase S26A, signal peptidase I  26.23 
 
 		 217 aa  41.6  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.301306 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2064  signal peptidase I  27.62 
 
 		 186 aa  41.6  0.009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0525582  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>