117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1510 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 180 aa  359  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  76.8 
 
 		 181 aa  279  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  62.98 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  64.25 
 
 		 181 aa  228  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  58.56 
 
 		 181 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  58.01 
 
 		 181 aa  212  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  58.56 
 
 		 181 aa  211  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  56.5 
 
 		 201 aa  207  8e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  57.46 
 
 		 181 aa  203  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  55.8 
 
 		 181 aa  201  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  55.25 
 
 		 181 aa  200  7e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  52.49 
 
 		 181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  55.74 
 
 		 181 aa  197  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  55.75 
 
 		 188 aa  196  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  56.9 
 
 		 310 aa  195  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  54.1 
 
 		 181 aa  194  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  55.49 
 
 		 181 aa  191  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  52.81 
 
 		 181 aa  187  5.999999999999999e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  57.67 
 
 		 200 aa  186  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  50.28 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  52.49 
 
 		 181 aa  182  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  52.49 
 
 		 181 aa  182  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  51.5 
 
 		 171 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  60.43 
 
 		 192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  50 
 
 		 171 aa  171  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  50.94 
 
 		 180 aa  161  5.0000000000000005e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  47.53 
 
 		 163 aa  157  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  48.45 
 
 		 199 aa  155  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  48.55 
 
 		 186 aa  155  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  49.67 
 
 		 192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  45.76 
 
 		 196 aa  145  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  46.95 
 
 		 209 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  46.04 
 
 		 173 aa  124  9e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  47.1 
 
 		 147 aa  120  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.71 
 
 		 172 aa  110  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  41.42 
 
 		 191 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  37.85 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  35.67 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.29 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  37.85 
 
 		 203 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.4 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  36.72 
 
 		 199 aa  99.4  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  37.29 
 
 		 195 aa  98.2  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  40.29 
 
 		 192 aa  98.2  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.59 
 
 		 195 aa  97.4  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.5 
 
 		 183 aa  96.7  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  36.72 
 
 		 195 aa  96.7  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  36.72 
 
 		 199 aa  97.1  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  38.41 
 
 		 174 aa  96.7  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  37.09 
 
 		 203 aa  95.1  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.16 
 
 		 195 aa  94.7  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  37.09 
 
 		 195 aa  92.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.14 
 
 		 203 aa  90.9  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  37.75 
 
 		 199 aa  89  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.14 
 
 		 177 aa  89.4  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  35.59 
 
 		 195 aa  89.4  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.59 
 
 		 195 aa  89.4  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  32.67 
 
 		 179 aa  80.9  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  34.01 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.07 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  31.21 
 
 		 168 aa  75.1  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  30.43 
 
 		 175 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.26 
 
 		 177 aa  68.2  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.57 
 
 		 176 aa  67.8  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  28.03 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.24 
 
 		 169 aa  64.3  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  30.4 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.46 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.76 
 
 		 177 aa  61.2  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.17 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.25 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  34.03 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  40 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  29.63 
 
 		 178 aa  52.4  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  31.65 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  31.65 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  24.55 
 
 		 190 aa  50.1  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4839  signal peptidase I  26.44 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12270  signal peptidase I  31.17 
 
 		 173 aa  49.3  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000081948  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.65 
 
 		 196 aa  48.9  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  27.52 
 
 		 181 aa  48.9  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  26.75 
 
 		 181 aa  47.8  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  24.49 
 
 		 174 aa  47  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1091  conjugation signal peptidase TraF, putative  33.33 
 
 		 184 aa  47.4  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.832748  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  32.5 
 
 		 207 aa  45.8  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  29.67 
 
 		 191 aa  45.4  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  25.88 
 
 		 177 aa  45.8  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1987  signal peptidase I  32.35 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  24.85 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4484  signal peptidase I  28.05 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.130088 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3025  signal peptidase I  28.22 
 
 		 248 aa  43.5  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0226835  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2878  signal peptidase I  28 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.293282  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  29.01 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4420  signal peptidase I  28.05 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1094  signal peptidase I  27.61 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000597115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1804  signal peptidase I  25 
 
 		 178 aa  43.1  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0785426  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0097  type IV conjugative transfer system signal peptidase  32.58 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.120482 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  24.38 
 
 		 174 aa  43.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3123  Signal peptidase I U  29.36 
 
 		 183 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.028916  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2718  signal peptidase I  31.37 
 
 		 198 aa  42.7  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>