104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1030 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  100 
 
 		 180 aa  359  1e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  68.29 
 
 		 209 aa  227  6e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  61.82 
 
 		 181 aa  201  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  57.58 
 
 		 201 aa  192  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  57.58 
 
 		 181 aa  185  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  53.94 
 
 		 181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  54.55 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  53.33 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  52.12 
 
 		 181 aa  174  9e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  53.33 
 
 		 181 aa  170  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  52.12 
 
 		 181 aa  170  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  55.77 
 
 		 192 aa  169  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  50.3 
 
 		 181 aa  168  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  51.9 
 
 		 163 aa  167  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  49.7 
 
 		 181 aa  164  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  50.62 
 
 		 171 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  51.52 
 
 		 181 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  50.94 
 
 		 180 aa  161  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  53.24 
 
 		 171 aa  160  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  51.53 
 
 		 310 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  50.31 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  48.48 
 
 		 181 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  53.69 
 
 		 200 aa  155  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  47.27 
 
 		 181 aa  154  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  47.27 
 
 		 181 aa  154  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  53.28 
 
 		 192 aa  151  5.9999999999999996e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  49.36 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  47.88 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  54.23 
 
 		 196 aa  146  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  47.2 
 
 		 186 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  47.53 
 
 		 199 aa  141  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  44.59 
 
 		 186 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  47.59 
 
 		 147 aa  134  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  39.38 
 
 		 173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  42.95 
 
 		 195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  44.23 
 
 		 199 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  41.03 
 
 		 195 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  43.42 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  42.31 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  52.14 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  43.92 
 
 		 191 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  41.03 
 
 		 195 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  41.67 
 
 		 199 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  41.03 
 
 		 195 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.84 
 
 		 177 aa  107  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  40.38 
 
 		 195 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  39.74 
 
 		 203 aa  106  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  39.74 
 
 		 203 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  39.74 
 
 		 195 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  40 
 
 		 195 aa  105  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  41.03 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  39.33 
 
 		 183 aa  102  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  36.31 
 
 		 192 aa  102  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  38.46 
 
 		 195 aa  99.4  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.46 
 
 		 195 aa  99.4  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  37.82 
 
 		 199 aa  96.3  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  39.47 
 
 		 203 aa  95.1  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  32.93 
 
 		 176 aa  87  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  34.53 
 
 		 179 aa  85.9  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  34.33 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  34.94 
 
 		 168 aa  79.7  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  31.39 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  34.69 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  32.47 
 
 		 193 aa  74.3  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  32.24 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.88 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.06 
 
 		 177 aa  68.2  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  32.89 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  32.24 
 
 		 196 aa  67.8  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  39.86 
 
 		 177 aa  62.4  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.59 
 
 		 188 aa  62  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.75 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.95 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  38.19 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  30.14 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  33.33 
 
 		 158 aa  52.8  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  30.91 
 
 		 190 aa  52.4  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  31.78 
 
 		 178 aa  51.6  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  29.05 
 
 		 177 aa  50.1  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  27.78 
 
 		 174 aa  49.3  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  30.07 
 
 		 178 aa  48.9  0.00004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  32.56 
 
 		 178 aa  47.8  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  32.56 
 
 		 178 aa  47.8  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  34.74 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  29.91 
 
 		 176 aa  45.8  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  25.21 
 
 		 272 aa  45.1  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  31.91 
 
 		 191 aa  44.7  0.0007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3123  Signal peptidase I U  27.27 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.028916  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2884  Signal peptidase I U  27.27 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0198691  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2851  signal peptidase I  27.27 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369909  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2812  signal peptidase I  27.27 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3099  Signal peptidase I U  27.27 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0167599  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1533  hypothetical protein  32.39 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.66536 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3122  Signal peptidase I U  27.27 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000326894  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3104  Signal peptidase I U  27.27 
 
 		 183 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4839  signal peptidase I  31.4 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2878  signal peptidase I  27.27 
 
 		 183 aa  42.4  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.293282  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0600  signal peptidase I  33.33 
 
 		 322 aa  42.7  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000224318 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  29.17 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2146  Signal peptidase I U  27.27 
 
 		 183 aa  41.6  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>