102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_A0024 on replicon NC_009704
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  100 
 
 		 174 aa  352  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  56.89 
 
 		 178 aa  201  5e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  53.74 
 
 		 178 aa  182  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  54.42 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  54.42 
 
 		 178 aa  164  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  33.54 
 
 		 162 aa  84.7  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  27.37 
 
 		 177 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.81 
 
 		 176 aa  77.8  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.3 
 
 		 188 aa  77.4  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  28.74 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  31.67 
 
 		 177 aa  74.7  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.55 
 
 		 169 aa  70.1  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.19 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  30.23 
 
 		 186 aa  66.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  33.76 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  33.99 
 
 		 171 aa  65.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  27.27 
 
 		 177 aa  63.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  30.12 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  28.67 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  29.09 
 
 		 191 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  27.81 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  29.88 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  27.17 
 
 		 174 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  32.88 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  27.17 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  29.19 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.59 
 
 		 195 aa  57.8  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  30.07 
 
 		 168 aa  57.8  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  29.73 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  31.25 
 
 		 181 aa  57.4  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  26.86 
 
 		 195 aa  57  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  29.59 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.59 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  30.46 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  31.78 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  30.41 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  27.71 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  29.14 
 
 		 195 aa  53.9  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  29.17 
 
 		 200 aa  53.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  27.78 
 
 		 163 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  29.53 
 
 		 147 aa  53.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  28.48 
 
 		 203 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  28.38 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.8 
 
 		 199 aa  53.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  29.8 
 
 		 199 aa  52.8  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  28.47 
 
 		 176 aa  52  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  24.31 
 
 		 187 aa  52  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1172  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.36 
 
 		 155 aa  52  0.000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  28.99 
 
 		 195 aa  51.2  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.83 
 
 		 192 aa  51.6  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  28.48 
 
 		 310 aa  51.2  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  27.22 
 
 		 195 aa  50.8  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  34.09 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  27.35 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  29.93 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.09 
 
 		 203 aa  50.4  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  28.74 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  32.95 
 
 		 195 aa  50.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  30.82 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  26.21 
 
 		 196 aa  49.7  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  29.14 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  27.78 
 
 		 180 aa  49.3  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  33.08 
 
 		 181 aa  49.3  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  28.68 
 
 		 192 aa  48.5  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  28.75 
 
 		 181 aa  47.8  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  25.6 
 
 		 199 aa  47  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  26.9 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  25.3 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  24.85 
 
 		 192 aa  46.2  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1617  signal peptidase I  24.84 
 
 		 219 aa  45.8  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00286894  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  28 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  28.85 
 
 		 177 aa  45.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1267  signal peptidase I  25.55 
 
 		 222 aa  45.1  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00305059  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3169  signal peptidase I  28.05 
 
 		 200 aa  44.3  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.559115  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  26.71 
 
 		 181 aa  44.3  0.0009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0487  thylakoidal processing peptidase  27.16 
 
 		 220 aa  44.3  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0584817 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  26.49 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  29.66 
 
 		 172 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1007  signal peptidase I  23.16 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.680167  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0184  signal peptidase I  22.7 
 
 		 208 aa  43.5  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3855  signal peptidase I  32.14 
 
 		 275 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  24.38 
 
 		 180 aa  43.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  28.08 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  28.77 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0878  hypothetical protein  25.49 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2652  signal peptidase I  31.76 
 
 		 349 aa  42.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3452  signal peptidase I  31.76 
 
 		 349 aa  42.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  26.71 
 
 		 181 aa  42  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  26.71 
 
 		 181 aa  42  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1355  signal peptidase I  30.59 
 
 		 171 aa  42  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.58594  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1935  signal peptidase I  31.37 
 
 		 201 aa  42  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  26.03 
 
 		 181 aa  42  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1727  signal peptidase I  25.98 
 
 		 232 aa  42  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4420  signal peptidase I  29.63 
 
 		 200 aa  42  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4484  signal peptidase I  29.63 
 
 		 200 aa  42  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.130088 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1804  signal peptidase I  32.53 
 
 		 178 aa  41.6  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0785426  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.59 
 
 		 183 aa  41.6  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1335  peptidase S26A, signal peptidase I  26.27 
 
 		 217 aa  41.2  0.007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0446505  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0282  signal peptidase I  28.12 
 
 		 206 aa  41.2  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0690316  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2510  signal peptidase I  24.81 
 
 		 233 aa  40.8  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.266939  normal  0.328106 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>