82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_D6524 on replicon NC_007337
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  100 
 
 		 178 aa  358  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  100 
 
 		 178 aa  358  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  85.39 
 
 		 178 aa  284  5e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  59.55 
 
 		 178 aa  227  7e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  51.81 
 
 		 174 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  38.65 
 
 		 177 aa  91.7  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.93 
 
 		 176 aa  85.1  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.58 
 
 		 176 aa  84  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.44 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  36.26 
 
 		 177 aa  81.3  0.000000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.95 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.06 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  33.12 
 
 		 162 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.98 
 
 		 177 aa  71.6  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.7 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  33.7 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  31.38 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  34.29 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  34.81 
 
 		 191 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.16 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  33.7 
 
 		 195 aa  67.8  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.44 
 
 		 177 aa  67  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  31.75 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.43 
 
 		 195 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  32.28 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  31.75 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  34.09 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  33.33 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  30.26 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  32.19 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  30.32 
 
 		 195 aa  60.8  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  31.94 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  31.91 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.91 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.48 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  33.33 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  32.84 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  31.13 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  28.42 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  29.95 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  30.56 
 
 		 203 aa  57.8  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  35.58 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  34.21 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  33.54 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  32.3 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  30.86 
 
 		 173 aa  55.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  32.06 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  33.8 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  29.05 
 
 		 175 aa  54.3  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  29.89 
 
 		 203 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  33.58 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  30.56 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  29.17 
 
 		 163 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  29.17 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  30.37 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  31.51 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  33.11 
 
 		 310 aa  53.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  30.43 
 
 		 180 aa  52.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  31.97 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  32.67 
 
 		 181 aa  52.4  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  31.28 
 
 		 181 aa  52.4  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  32.59 
 
 		 220 aa  52  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0878  hypothetical protein  25.29 
 
 		 154 aa  52  0.000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  26.95 
 
 		 187 aa  51.6  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  30.43 
 
 		 171 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  32.85 
 
 		 192 aa  52  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  32.56 
 
 		 180 aa  50.4  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  31.69 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  31.03 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  33.1 
 
 		 181 aa  48.1  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  30.06 
 
 		 201 aa  47.8  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  27.4 
 
 		 199 aa  47.8  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  30.06 
 
 		 181 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  28.77 
 
 		 196 aa  46.2  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1172  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  26.71 
 
 		 155 aa  46.2  0.0002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  29.45 
 
 		 181 aa  45.1  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  26.99 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  26.99 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  30.07 
 
 		 168 aa  43.9  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  32.56 
 
 		 209 aa  42.7  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2328  signal peptidase I  24.37 
 
 		 225 aa  40.8  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12270  signal peptidase I  27.39 
 
 		 173 aa  40.8  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000081948  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>