82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1258 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  100 
 
 		 195 aa  381  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  91.24 
 
 		 199 aa  343  8.999999999999999e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  88.44 
 
 		 199 aa  335  2.9999999999999997e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  83.59 
 
 		 195 aa  313  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  84.1 
 
 		 195 aa  300  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  83.08 
 
 		 195 aa  297  8e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  83.08 
 
 		 195 aa  296  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  83.08 
 
 		 195 aa  296  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  81.54 
 
 		 195 aa  293  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  77.95 
 
 		 195 aa  293  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  78.39 
 
 		 191 aa  289  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  77.39 
 
 		 199 aa  287  7e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  76.35 
 
 		 203 aa  285  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  73.71 
 
 		 195 aa  276  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  80.46 
 
 		 174 aa  273  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  76.29 
 
 		 199 aa  270  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  79.23 
 
 		 203 aa  261  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  76.35 
 
 		 203 aa  256  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  79.01 
 
 		 199 aa  246  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  66.85 
 
 		 183 aa  216  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  56 
 
 		 177 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  44.59 
 
 		 181 aa  128  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  44.87 
 
 		 181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  45.51 
 
 		 173 aa  125  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  41.38 
 
 		 181 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  42.95 
 
 		 180 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  42.31 
 
 		 181 aa  118  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  41.42 
 
 		 181 aa  117  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  41.67 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  45.45 
 
 		 196 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  40.37 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.39 
 
 		 192 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  40.48 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  41.29 
 
 		 181 aa  112  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  41.29 
 
 		 181 aa  112  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  41.18 
 
 		 181 aa  112  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  38.98 
 
 		 310 aa  111  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  46.58 
 
 		 147 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  44.97 
 
 		 192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  44.3 
 
 		 209 aa  108  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  38.86 
 
 		 186 aa  108  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  40.12 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  36.93 
 
 		 181 aa  104  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  40 
 
 		 181 aa  104  9e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  39.47 
 
 		 163 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  37.85 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  39.33 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  38.82 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  37.93 
 
 		 186 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  35.2 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  40.67 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  37.18 
 
 		 200 aa  100  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  42.68 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  36.36 
 
 		 192 aa  97.8  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  34.09 
 
 		 188 aa  97.4  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  37.13 
 
 		 168 aa  91.3  9e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  38 
 
 		 179 aa  90.1  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  35.33 
 
 		 181 aa  89  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  42.86 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  36.67 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  31.21 
 
 		 175 aa  72  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  31.14 
 
 		 193 aa  67  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.86 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  29.82 
 
 		 187 aa  64.7  0.0000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.85 
 
 		 177 aa  64.7  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  37.8 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  31.45 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.04 
 
 		 177 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.72 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.02 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.64 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  35.43 
 
 		 178 aa  54.3  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  29.14 
 
 		 174 aa  53.9  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  35.43 
 
 		 178 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  27.54 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.78 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.62 
 
 		 188 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  27.54 
 
 		 181 aa  48.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  33.76 
 
 		 177 aa  47.8  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  33.06 
 
 		 207 aa  47.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  28.09 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  30.4 
 
 		 162 aa  41.6  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>