87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_4318 on replicon NC_008766
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  100 
 
 		 178 aa  362  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  85.39 
 
 		 178 aa  258  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  85.39 
 
 		 178 aa  258  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  57.3 
 
 		 178 aa  220  6e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  50 
 
 		 174 aa  189  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.87 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.71 
 
 		 176 aa  89.4  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.76 
 
 		 188 aa  89  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  36.9 
 
 		 177 aa  84.7  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.54 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.24 
 
 		 169 aa  77  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  32.47 
 
 		 162 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.56 
 
 		 177 aa  74.7  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.93 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  36.52 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.33 
 
 		 177 aa  68.2  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  32.09 
 
 		 195 aa  67  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.7 
 
 		 199 aa  67  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  32.76 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  35.29 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  33.87 
 
 		 195 aa  65.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  33.33 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.15 
 
 		 195 aa  64.3  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  33.15 
 
 		 195 aa  64.3  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  29.33 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.51 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  33.87 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  33.15 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  32.64 
 
 		 147 aa  62  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  33.87 
 
 		 199 aa  62  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  32.59 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  30.2 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  29.58 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  31.46 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  30.83 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  38.46 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  31.91 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  31.98 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  31.61 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  36.54 
 
 		 199 aa  57  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.79 
 
 		 199 aa  57  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  35.66 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  31.82 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  29.47 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  33.53 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  31.72 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  34.56 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.54 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  33.33 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  28.95 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  28.66 
 
 		 180 aa  55.1  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  30.88 
 
 		 173 aa  54.7  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  31.18 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  36.79 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  29.61 
 
 		 171 aa  53.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  27.95 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  28.9 
 
 		 183 aa  52.4  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0878  hypothetical protein  24.71 
 
 		 154 aa  52.8  0.000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  31.03 
 
 		 181 aa  52.4  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  29.86 
 
 		 176 aa  51.6  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  30.14 
 
 		 199 aa  51.2  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  31.78 
 
 		 180 aa  50.8  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  28.89 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  28.99 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  31.51 
 
 		 181 aa  48.9  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1172  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  26.03 
 
 		 155 aa  49.3  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  30.88 
 
 		 193 aa  48.9  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  27.78 
 
 		 163 aa  49.3  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  27.67 
 
 		 171 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  32.09 
 
 		 181 aa  48.5  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  30.37 
 
 		 220 aa  48.5  0.00005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  28.77 
 
 		 196 aa  48.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  28.4 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  30.77 
 
 		 168 aa  45.8  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  28.15 
 
 		 181 aa  44.7  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  29.51 
 
 		 181 aa  44.7  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2328  signal peptidase I  28.24 
 
 		 225 aa  43.9  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  28.48 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  31.69 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  26.99 
 
 		 181 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  26.99 
 
 		 181 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1007  signal peptidase I  23.08 
 
 		 190 aa  43.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.680167  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  30.77 
 
 		 209 aa  42.4  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1882  signal peptidase I  28.24 
 
 		 225 aa  42.4  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0425  signal peptidase I  27.78 
 
 		 243 aa  42  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2140  signal peptidase I  28.05 
 
 		 174 aa  41.6  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  32.18 
 
 		 184 aa  41.2  0.009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>