84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2356 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  100 
 
 		 175 aa  352  2e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  37.06 
 
 		 187 aa  98.2  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  39.71 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  37.31 
 
 		 192 aa  91.3  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.04 
 
 		 199 aa  89  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  33.33 
 
 		 174 aa  87  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  38.13 
 
 		 199 aa  85.5  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  32.89 
 
 		 180 aa  85.1  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  33.33 
 
 		 195 aa  85.1  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.75 
 
 		 195 aa  85.5  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  33.55 
 
 		 209 aa  84.7  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  35.82 
 
 		 191 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  36.94 
 
 		 168 aa  84  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  34.04 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  33.8 
 
 		 163 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  36.17 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  35.51 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  33.95 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  34.5 
 
 		 186 aa  81.3  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.75 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  36.88 
 
 		 195 aa  80.9  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.58 
 
 		 203 aa  80.9  0.000000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  34.75 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  34.78 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.75 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  35.04 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  30.9 
 
 		 203 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  34.04 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.62 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  31.88 
 
 		 181 aa  78.2  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  31.91 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  29.56 
 
 		 181 aa  77.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  30.46 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  31.91 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  32.09 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  28.99 
 
 		 177 aa  76.3  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.94 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  34.78 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  34.06 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  32.61 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  30.43 
 
 		 180 aa  73.9  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  31.16 
 
 		 181 aa  74.3  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  31.16 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  36.07 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.88 
 
 		 147 aa  72  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  31.21 
 
 		 195 aa  72  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  30.43 
 
 		 181 aa  72  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  30.43 
 
 		 181 aa  72  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  29.94 
 
 		 186 aa  71.6  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  28.3 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  34.06 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  32.03 
 
 		 200 aa  71.2  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  32.35 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  31.62 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  31.52 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  31.71 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  31.34 
 
 		 192 aa  67.8  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.75 
 
 		 176 aa  67  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  29.79 
 
 		 171 aa  67  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.96 
 
 		 177 aa  67.4  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  29.71 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  28.99 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.79 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  31.16 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  28.26 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.61 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  31.39 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.82 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.15 
 
 		 177 aa  60.5  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  30.22 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.56 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.33 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  30.41 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  28.95 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  30.41 
 
 		 158 aa  50.4  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  33.07 
 
 		 174 aa  48.5  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1007  signal peptidase I  27.5 
 
 		 190 aa  47.8  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.680167  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1533  hypothetical protein  30.43 
 
 		 194 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.66536 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1172  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  24.62 
 
 		 155 aa  46.6  0.0002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  29.05 
 
 		 178 aa  44.7  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  29.05 
 
 		 178 aa  44.7  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1267  signal peptidase I  25.83 
 
 		 222 aa  44.3  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00305059  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0373  putative pilus assembly protein, TrhF  34.52 
 
 		 186 aa  42  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  27.55 
 
 		 190 aa  40.8  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>