109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3906 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 171 aa  347  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  61.08 
 
 		 163 aa  204  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  54.39 
 
 		 171 aa  195  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  57.74 
 
 		 181 aa  195  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  56.97 
 
 		 181 aa  192  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  55.95 
 
 		 181 aa  189  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  56.52 
 
 		 181 aa  184  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  55.15 
 
 		 181 aa  181  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  54.32 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  51.5 
 
 		 180 aa  179  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  51.18 
 
 		 181 aa  177  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  51.19 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  55.56 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  55.56 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  51.22 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  51.83 
 
 		 181 aa  175  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  51.83 
 
 		 181 aa  174  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  50.3 
 
 		 186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  53.05 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  52.76 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  52.07 
 
 		 181 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  50.3 
 
 		 188 aa  170  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  54.32 
 
 		 310 aa  168  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  56 
 
 		 200 aa  166  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  47.34 
 
 		 186 aa  164  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  50.62 
 
 		 201 aa  164  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  50.62 
 
 		 180 aa  164  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  54.35 
 
 		 192 aa  151  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  43.29 
 
 		 199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  45.34 
 
 		 196 aa  143  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  46.1 
 
 		 192 aa  135  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  42.86 
 
 		 209 aa  134  8e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  41.38 
 
 		 147 aa  123  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  38.12 
 
 		 173 aa  114  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.75 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  39.07 
 
 		 191 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.64 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  35.75 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  35.2 
 
 		 195 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.62 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  35.43 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  36.25 
 
 		 174 aa  99.4  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.31 
 
 		 195 aa  98.6  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.94 
 
 		 183 aa  98.2  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  33.92 
 
 		 195 aa  97.8  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  43.48 
 
 		 172 aa  97.4  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  35.43 
 
 		 195 aa  96.7  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  35.91 
 
 		 195 aa  95.5  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.91 
 
 		 195 aa  95.5  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.42 
 
 		 177 aa  95.5  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  35.88 
 
 		 195 aa  95.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  37.24 
 
 		 203 aa  93.6  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  34.91 
 
 		 203 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  35.36 
 
 		 195 aa  93.6  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  36.09 
 
 		 199 aa  92.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.68 
 
 		 203 aa  90.1  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  33.76 
 
 		 192 aa  80.9  0.000000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  31.29 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  34.39 
 
 		 168 aa  75.5  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  29.81 
 
 		 187 aa  74.3  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  29.79 
 
 		 175 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  33.57 
 
 		 176 aa  62  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.73 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.19 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.54 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  32.88 
 
 		 174 aa  59.3  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  28.67 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  33.33 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  32.68 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  32.67 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.17 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.64 
 
 		 188 aa  54.3  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.38 
 
 		 177 aa  52.4  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  29.27 
 
 		 220 aa  50.4  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.29 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  29.63 
 
 		 190 aa  48.1  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  27.78 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  26.11 
 
 		 177 aa  48.1  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  34.15 
 
 		 176 aa  48.1  0.00006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  34.85 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  34.85 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  30 
 
 		 178 aa  47  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12270  signal peptidase I  27.22 
 
 		 173 aa  47.4  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000081948  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1383  signal peptidase I  33.33 
 
 		 188 aa  45.8  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00010466  normal  0.416306 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  31.91 
 
 		 191 aa  44.7  0.0006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  31.82 
 
 		 184 aa  44.7  0.0007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3123  Signal peptidase I U  28.28 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.028916  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2884  Signal peptidase I U  28.28 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0198691  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2851  signal peptidase I  28.28 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369909  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2812  signal peptidase I  28.28 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3099  Signal peptidase I U  28.28 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0167599  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3122  Signal peptidase I U  28.28 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000326894  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3104  Signal peptidase I U  28.28 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2878  signal peptidase I  28.28 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.293282  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3090  Signal peptidase I U  28.28 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2146  Signal peptidase I U  28.28 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  27.11 
 
 		 158 aa  42.7  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06711  leader peptidase I  24.77 
 
 		 194 aa  42.4  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0321  signal peptidase I  32.56 
 
 		 165 aa  42.4  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000588302  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1935  signal peptidase I  28.43 
 
 		 201 aa  42  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>