87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2624 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  100 
 
 		 195 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  90.26 
 
 		 195 aa  324  5e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  90.26 
 
 		 195 aa  324  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  88.72 
 
 		 195 aa  312  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  87.18 
 
 		 195 aa  309  2e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  81.54 
 
 		 195 aa  307  5e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  81.96 
 
 		 199 aa  302  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  78.46 
 
 		 195 aa  295  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  76.41 
 
 		 195 aa  291  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  78.87 
 
 		 199 aa  288  4e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  79.46 
 
 		 203 aa  285  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  74.23 
 
 		 199 aa  275  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  76.8 
 
 		 199 aa  270  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  80.54 
 
 		 203 aa  270  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  72.86 
 
 		 191 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  69.59 
 
 		 195 aa  259  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  74.14 
 
 		 174 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  79.01 
 
 		 199 aa  249  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  78.38 
 
 		 203 aa  249  3e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  69.4 
 
 		 183 aa  221  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  58 
 
 		 177 aa  165  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  44.94 
 
 		 173 aa  125  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  42.31 
 
 		 181 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  42.31 
 
 		 181 aa  122  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  43.59 
 
 		 181 aa  122  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  42.04 
 
 		 181 aa  121  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  40.38 
 
 		 181 aa  115  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  45.64 
 
 		 192 aa  114  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  44.3 
 
 		 209 aa  113  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  39.74 
 
 		 180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  39.66 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  38.73 
 
 		 181 aa  112  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  44.08 
 
 		 192 aa  112  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  37.57 
 
 		 181 aa  111  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  38.98 
 
 		 181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  37.89 
 
 		 181 aa  107  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  37.85 
 
 		 181 aa  105  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  39.35 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  39.35 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  39.35 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  36.31 
 
 		 171 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  37.21 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  41.07 
 
 		 196 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  40 
 
 		 179 aa  102  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  36.16 
 
 		 310 aa  100  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  36.16 
 
 		 180 aa  99  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  38.18 
 
 		 192 aa  98.6  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  41.78 
 
 		 147 aa  97.8  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  36.73 
 
 		 163 aa  97.1  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  34.83 
 
 		 186 aa  97.4  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  36.67 
 
 		 200 aa  97.4  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  41.4 
 
 		 199 aa  97.4  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  37.33 
 
 		 181 aa  96.7  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  38.67 
 
 		 181 aa  94.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  38.31 
 
 		 201 aa  94.4  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  32.39 
 
 		 188 aa  94  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  34.75 
 
 		 175 aa  88.6  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  35.93 
 
 		 168 aa  87.8  9e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  42.86 
 
 		 172 aa  87.4  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  38.41 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  33.33 
 
 		 181 aa  84.3  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  32.75 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  38.56 
 
 		 177 aa  73.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.94 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  32.92 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  29.59 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.43 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  34.44 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.84 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.09 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.33 
 
 		 177 aa  57.8  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  31.94 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.76 
 
 		 169 aa  54.7  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  34.21 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  34.21 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  28.31 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.93 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  27.97 
 
 		 272 aa  49.3  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  28.31 
 
 		 181 aa  49.3  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.12 
 
 		 188 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  38.46 
 
 		 174 aa  47  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  31.54 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  30.22 
 
 		 178 aa  45.4  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  31.06 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0662  signal peptidase I  34.38 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00185516  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  32.29 
 
 		 184 aa  43.1  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  32.97 
 
 		 189 aa  42.7  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>