193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0136 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  100 
 
 		 310 aa  623  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  79.03 
 
 		 188 aa  293  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  76.76 
 
 		 200 aa  266  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3374  hypothetical protein  91.89 
 
 		 111 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  59.89 
 
 		 181 aa  210  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3184  hypothetical protein  89.19 
 
 		 112 aa  208  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  58.99 
 
 		 181 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  57.22 
 
 		 186 aa  206  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  57.8 
 
 		 181 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  57.87 
 
 		 181 aa  202  7e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  56.07 
 
 		 181 aa  200  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  56.32 
 
 		 181 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  56.74 
 
 		 181 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  57.8 
 
 		 181 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  56.32 
 
 		 181 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  56.9 
 
 		 180 aa  195  8.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  56.07 
 
 		 181 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  56.07 
 
 		 181 aa  193  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  56.65 
 
 		 181 aa  191  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  55.49 
 
 		 201 aa  187  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  55.75 
 
 		 181 aa  182  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  53.18 
 
 		 181 aa  179  5.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  52.8 
 
 		 163 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  54.32 
 
 		 171 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  50.89 
 
 		 186 aa  167  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1509  hypothetical protein  68.47 
 
 		 111 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.307305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  48.78 
 
 		 171 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3190  hypothetical protein  66.67 
 
 		 111 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0482077  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  48.55 
 
 		 181 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  48.55 
 
 		 181 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  51.53 
 
 		 180 aa  159  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0755  hypothetical protein  64.86 
 
 		 111 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.60264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2872  hypothetical protein  65.77 
 
 		 111 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0632574 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  55.63 
 
 		 192 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7736  hypothetical protein  63.06 
 
 		 111 aa  155  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3822  hypothetical protein  62.16 
 
 		 111 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2332  hypothetical protein  64.86 
 
 		 111 aa  152  8.999999999999999e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0528759  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0518  hypothetical protein  64.29 
 
 		 112 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0209902  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  46.07 
 
 		 196 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1029  protein of unknown function DUF736  63.96 
 
 		 112 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  45.29 
 
 		 199 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  47.85 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  46.39 
 
 		 192 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3010  hypothetical protein  59.46 
 
 		 111 aa  139  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3081  protein of unknown function DUF736  60 
 
 		 115 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  49.64 
 
 		 147 aa  136  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2803  protein of unknown function DUF736  57.66 
 
 		 111 aa  136  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3536  hypothetical protein  53.68 
 
 		 139 aa  135  7.000000000000001e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.506052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1199  hypothetical protein  53.68 
 
 		 139 aa  135  7.000000000000001e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0977  protein of unknown function DUF736  61.11 
 
 		 113 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1604  protein of unknown function DUF736  55.86 
 
 		 111 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0705  hypothetical protein  56.9 
 
 		 128 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3555  hypothetical protein  55.75 
 
 		 133 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  41.36 
 
 		 173 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  38.98 
 
 		 195 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  38.98 
 
 		 199 aa  109  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  39.88 
 
 		 199 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  40.13 
 
 		 192 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  40.24 
 
 		 191 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.86 
 
 		 199 aa  106  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3686  hypothetical protein  46.3 
 
 		 110 aa  105  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.72 
 
 		 195 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0361  hypothetical protein  47.79 
 
 		 110 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  46.15 
 
 		 172 aa  103  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  38.46 
 
 		 174 aa  102  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.93 
 
 		 199 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  37.75 
 
 		 203 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  36.72 
 
 		 195 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  37.29 
 
 		 195 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  37.85 
 
 		 195 aa  96.3  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  34.91 
 
 		 195 aa  96.3  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.88 
 
 		 183 aa  95.1  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.16 
 
 		 195 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3846  hypothetical protein  37.72 
 
 		 113 aa  92.4  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0411247  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  34.13 
 
 		 177 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  36.16 
 
 		 195 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.16 
 
 		 195 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  36.42 
 
 		 203 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.16 
 
 		 203 aa  90.1  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6057  hypothetical protein  48.6 
 
 		 105 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  34.88 
 
 		 199 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  32.91 
 
 		 168 aa  82.4  0.000000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  31.51 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2324  hypothetical protein  38.32 
 
 		 104 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2621  hypothetical protein  42.73 
 
 		 114 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2644  hypothetical protein  38.89 
 
 		 117 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.614359  normal  0.0333856 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1135  protein of unknown function DUF736  40.38 
 
 		 103 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.22 
 
 		 187 aa  78.6  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1248  hypothetical protein  40.18 
 
 		 117 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.021102 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3810  hypothetical protein  39.81 
 
 		 103 aa  77.4  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.789532  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0681  hypothetical protein  38.18 
 
 		 104 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1873  protein of unknown function DUF736  38.1 
 
 		 104 aa  76.6  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2080  protein of unknown function DUF736  40.38 
 
 		 102 aa  76.3  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1509  protein of unknown function DUF736  39.42 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1484  hypothetical protein  40 
 
 		 107 aa  75.9  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7420  hypothetical protein  40.54 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0840  hypothetical protein  41.35 
 
 		 104 aa  74.7  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.128749  hitchhiker  0.00366118 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5532  protein of unknown function DUF736  40.91 
 
 		 105 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0325205 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  27.88 
 
 		 193 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4161  hypothetical protein  36.54 
 
 		 102 aa  73.9  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>