88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3556 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 181 aa  363  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  64.64 
 
 		 181 aa  247  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  63.54 
 
 		 181 aa  243  9e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  64.09 
 
 		 181 aa  241  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  61.33 
 
 		 181 aa  236  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  61.88 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  62.43 
 
 		 181 aa  231  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  56.35 
 
 		 181 aa  213  9e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  56.91 
 
 		 181 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  56.91 
 
 		 181 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  58.56 
 
 		 181 aa  210  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  54.7 
 
 		 181 aa  208  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  55.98 
 
 		 181 aa  206  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  55.98 
 
 		 181 aa  206  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  52.49 
 
 		 180 aa  199  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  56.9 
 
 		 188 aa  199  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  56.32 
 
 		 310 aa  197  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  55.93 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  53.37 
 
 		 181 aa  190  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  51.93 
 
 		 181 aa  188  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  56.79 
 
 		 200 aa  188  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  55.26 
 
 		 186 aa  183  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  54.32 
 
 		 171 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  50.93 
 
 		 163 aa  174  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  50.61 
 
 		 171 aa  166  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  50.3 
 
 		 186 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  48.48 
 
 		 180 aa  156  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  51.63 
 
 		 192 aa  153  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  55.4 
 
 		 192 aa  152  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  49.69 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  50.66 
 
 		 196 aa  149  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  47.93 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  49.64 
 
 		 147 aa  132  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  43.17 
 
 		 173 aa  121  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  48.94 
 
 		 172 aa  108  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  41.73 
 
 		 192 aa  104  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  41.61 
 
 		 199 aa  103  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  40.67 
 
 		 195 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  41.67 
 
 		 191 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  39.33 
 
 		 195 aa  100  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  40.82 
 
 		 199 aa  99.8  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  41.61 
 
 		 174 aa  99.8  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  39.1 
 
 		 199 aa  99.4  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.56 
 
 		 199 aa  98.2  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  39.74 
 
 		 195 aa  95.5  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  37.25 
 
 		 195 aa  94.7  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  40.38 
 
 		 195 aa  94.4  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  36.05 
 
 		 179 aa  94.7  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  38.26 
 
 		 203 aa  92  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  38.41 
 
 		 203 aa  92  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  37.18 
 
 		 195 aa  91.3  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.91 
 
 		 203 aa  90.9  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.59 
 
 		 177 aa  90.1  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.46 
 
 		 195 aa  90.5  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  37.25 
 
 		 199 aa  89  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.24 
 
 		 183 aa  89  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.46 
 
 		 195 aa  87.8  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  38.46 
 
 		 195 aa  87.8  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  31.71 
 
 		 168 aa  82.8  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  34.93 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  33.54 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.77 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  33.55 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  29.71 
 
 		 175 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  31.21 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  29.86 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  31.41 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  40.91 
 
 		 177 aa  60.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.56 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  35.66 
 
 		 178 aa  57  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  39.29 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.37 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  33.8 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  33.8 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.07 
 
 		 177 aa  49.7  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  30.82 
 
 		 174 aa  49.3  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  27.27 
 
 		 177 aa  47.4  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  28.26 
 
 		 158 aa  45.8  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12270  signal peptidase I  25.32 
 
 		 173 aa  45.4  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000081948  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  29.66 
 
 		 162 aa  45.1  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.67 
 
 		 176 aa  45.1  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  28.83 
 
 		 190 aa  44.7  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  29.33 
 
 		 178 aa  43.9  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  29.47 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1172  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  22.58 
 
 		 155 aa  43.1  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5885  predicted protein  29.27 
 
 		 199 aa  42.7  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4691  signal peptidase I  32.18 
 
 		 214 aa  42  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  27.37 
 
 		 188 aa  41.6  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>