86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0182 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  100 
 
 		 147 aa  290  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  54.23 
 
 		 199 aa  147  4e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  52.48 
 
 		 181 aa  144  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  50.36 
 
 		 181 aa  140  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  52.86 
 
 		 192 aa  139  9e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  48.55 
 
 		 200 aa  138  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  51.03 
 
 		 181 aa  138  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  50.71 
 
 		 181 aa  138  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  48.28 
 
 		 181 aa  137  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  49.64 
 
 		 310 aa  136  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  51.72 
 
 		 181 aa  136  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  50 
 
 		 181 aa  136  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  48.94 
 
 		 201 aa  135  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  47.59 
 
 		 180 aa  134  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  48.57 
 
 		 181 aa  134  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  50.69 
 
 		 196 aa  134  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  47.86 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  48.2 
 
 		 188 aa  132  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  45.32 
 
 		 186 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  49.64 
 
 		 181 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  46.1 
 
 		 181 aa  130  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  42.86 
 
 		 163 aa  128  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  45.83 
 
 		 186 aa  126  9.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  46.81 
 
 		 181 aa  126  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  46.81 
 
 		 181 aa  126  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  46.04 
 
 		 181 aa  124  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  41.38 
 
 		 171 aa  123  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  43.45 
 
 		 181 aa  122  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  49.28 
 
 		 192 aa  123  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  46.53 
 
 		 209 aa  121  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  47.1 
 
 		 180 aa  120  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  45 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  43.88 
 
 		 181 aa  118  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  42.45 
 
 		 181 aa  117  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  45.52 
 
 		 192 aa  116  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  49.64 
 
 		 191 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  47.26 
 
 		 199 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  47.26 
 
 		 199 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  47.95 
 
 		 203 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  48.34 
 
 		 199 aa  110  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  46.58 
 
 		 195 aa  110  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  46.58 
 
 		 195 aa  110  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  46.36 
 
 		 199 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  46.36 
 
 		 174 aa  105  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  45.39 
 
 		 177 aa  103  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  45.52 
 
 		 183 aa  103  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  42.67 
 
 		 195 aa  102  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.89 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  43.84 
 
 		 195 aa  101  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  47.02 
 
 		 203 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  48.92 
 
 		 172 aa  98.6  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  43.15 
 
 		 195 aa  97.8  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  44.52 
 
 		 203 aa  96.3  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  44.37 
 
 		 199 aa  95.9  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  42.76 
 
 		 176 aa  95.1  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  41.78 
 
 		 195 aa  95.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  42.47 
 
 		 195 aa  93.6  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  42.47 
 
 		 195 aa  93.6  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  37.41 
 
 		 179 aa  88.2  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  31.21 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  29.93 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  30.88 
 
 		 175 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  32.35 
 
 		 168 aa  70.9  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  34.96 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  32.64 
 
 		 178 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.79 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  31.25 
 
 		 158 aa  58.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  31.94 
 
 		 178 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  31.94 
 
 		 178 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  32.21 
 
 		 177 aa  57  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  31.25 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  38.36 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  30.56 
 
 		 178 aa  52.8  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  30.63 
 
 		 181 aa  53.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  29.53 
 
 		 174 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  30.63 
 
 		 181 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.62 
 
 		 177 aa  52  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.86 
 
 		 169 aa  52  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.56 
 
 		 188 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.41 
 
 		 176 aa  48.5  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  29.66 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.66 
 
 		 188 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4209  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  25.33 
 
 		 168 aa  40.8  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000149258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5374  type IV secretory pathway protease TraF-like protein  28.37 
 
 		 187 aa  40.8  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.705949 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2165  Type IV secretory pathway protease TraF-like  25 
 
 		 174 aa  40.4  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0878  hypothetical protein  17.78 
 
 		 154 aa  40  0.009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>