88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2929 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  100 
 
 		 203 aa  401  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  81.28 
 
 		 195 aa  310  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  80.3 
 
 		 199 aa  303  8.000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  76.35 
 
 		 195 aa  293  8e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  76.85 
 
 		 199 aa  293  9e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  74.38 
 
 		 199 aa  283  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  72.91 
 
 		 203 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  75.37 
 
 		 191 aa  274  8e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  75.86 
 
 		 195 aa  270  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  78.38 
 
 		 195 aa  270  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  70.71 
 
 		 195 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  73.89 
 
 		 195 aa  264  7e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  73.89 
 
 		 195 aa  264  7e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  69.04 
 
 		 195 aa  263  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  71.92 
 
 		 199 aa  261  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  73.4 
 
 		 195 aa  259  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  75.26 
 
 		 203 aa  258  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  74.71 
 
 		 174 aa  251  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  75.31 
 
 		 199 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  60.99 
 
 		 183 aa  198  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  57.33 
 
 		 177 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  43.5 
 
 		 173 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  43.51 
 
 		 181 aa  121  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.39 
 
 		 192 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  37.21 
 
 		 181 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  47.95 
 
 		 147 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  39.1 
 
 		 181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  39.74 
 
 		 180 aa  111  9e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  40.26 
 
 		 181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  38.96 
 
 		 181 aa  108  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  42.95 
 
 		 192 aa  108  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  41.61 
 
 		 209 aa  107  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  38.86 
 
 		 186 aa  106  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  40.61 
 
 		 181 aa  107  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  37.79 
 
 		 181 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  36.63 
 
 		 181 aa  105  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  36.67 
 
 		 310 aa  105  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  45.22 
 
 		 199 aa  104  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  38.16 
 
 		 181 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  42.26 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  36.63 
 
 		 171 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  36.25 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  37.5 
 
 		 181 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  36.67 
 
 		 200 aa  101  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  37.01 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  37.01 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  37.58 
 
 		 186 aa  100  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  35.96 
 
 		 188 aa  99  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  36 
 
 		 171 aa  98.6  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  36.16 
 
 		 180 aa  98.6  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  38.26 
 
 		 181 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  36.67 
 
 		 181 aa  93.2  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  39.33 
 
 		 179 aa  92  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  34.29 
 
 		 201 aa  90.5  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  34.57 
 
 		 192 aa  89.7  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  35.81 
 
 		 163 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  39.74 
 
 		 176 aa  87  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  32.77 
 
 		 181 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  42.18 
 
 		 172 aa  84  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  34.04 
 
 		 175 aa  84  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  34.73 
 
 		 168 aa  80.9  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  31.14 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.52 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  31.58 
 
 		 187 aa  67  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  31.29 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.22 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.73 
 
 		 188 aa  62  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  38.68 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.69 
 
 		 177 aa  59.3  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.24 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.02 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  29.14 
 
 		 174 aa  52.8  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0373  putative pilus assembly protein, TrhF  33.33 
 
 		 186 aa  51.2  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  30.41 
 
 		 177 aa  50.4  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.01 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  40.26 
 
 		 174 aa  49.3  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  35.85 
 
 		 178 aa  49.3  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  35.85 
 
 		 178 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  35.8 
 
 		 207 aa  48.5  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  35.11 
 
 		 184 aa  48.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  34.07 
 
 		 189 aa  45.8  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  30.77 
 
 		 162 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  34.41 
 
 		 158 aa  44.3  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  32.56 
 
 		 272 aa  43.9  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2165  Type IV secretory pathway protease TraF-like  30.19 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  25.41 
 
 		 181 aa  42.4  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  31.13 
 
 		 178 aa  41.6  0.007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0662  signal peptidase I  32.29 
 
 		 174 aa  41.6  0.007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00185516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>