91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2802 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 181 aa  362  2e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  60.11 
 
 		 181 aa  224  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  58.1 
 
 		 181 aa  214  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  56.67 
 
 		 181 aa  210  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  55.56 
 
 		 181 aa  209  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  54.49 
 
 		 181 aa  205  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  53.33 
 
 		 181 aa  202  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  55.06 
 
 		 181 aa  202  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  61.82 
 
 		 180 aa  201  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  56.74 
 
 		 181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  54.44 
 
 		 181 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  52.25 
 
 		 181 aa  196  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  52.81 
 
 		 181 aa  195  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  56.32 
 
 		 186 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  55.37 
 
 		 201 aa  191  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  53.37 
 
 		 181 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  54.91 
 
 		 188 aa  187  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  52.81 
 
 		 180 aa  187  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  53.18 
 
 		 310 aa  179  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  52.35 
 
 		 181 aa  175  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  59.71 
 
 		 171 aa  174  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  52.76 
 
 		 171 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  54.04 
 
 		 200 aa  171  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  54.3 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  54.3 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  50.31 
 
 		 163 aa  169  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  59.57 
 
 		 192 aa  166  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  47.59 
 
 		 186 aa  158  5e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  51.97 
 
 		 192 aa  157  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  50 
 
 		 209 aa  157  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  43.79 
 
 		 199 aa  136  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  48.28 
 
 		 147 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  43.83 
 
 		 196 aa  132  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  40.91 
 
 		 173 aa  120  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  43.36 
 
 		 191 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  47.52 
 
 		 172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  40 
 
 		 199 aa  107  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  41.45 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40 
 
 		 195 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  41.56 
 
 		 199 aa  105  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  41.67 
 
 		 195 aa  105  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  39.19 
 
 		 192 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  40.26 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  40 
 
 		 195 aa  104  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  40.13 
 
 		 203 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  40 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  39.61 
 
 		 195 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.91 
 
 		 199 aa  101  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  39.72 
 
 		 177 aa  99.8  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.65 
 
 		 195 aa  99.8  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  37.27 
 
 		 195 aa  99.8  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  39.47 
 
 		 203 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.42 
 
 		 183 aa  93.6  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  38.31 
 
 		 199 aa  92.8  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.02 
 
 		 195 aa  91.7  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  36.02 
 
 		 195 aa  91.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.01 
 
 		 203 aa  89.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  32.93 
 
 		 168 aa  87.4  9e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  34.69 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  34.78 
 
 		 175 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  33.1 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.07 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  32.43 
 
 		 220 aa  68.2  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  30.52 
 
 		 193 aa  67  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  35.81 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  35.81 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  35.81 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  32.61 
 
 		 158 aa  55.8  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.03 
 
 		 176 aa  54.7  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  39.22 
 
 		 177 aa  53.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.93 
 
 		 176 aa  50.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.1 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  28.31 
 
 		 177 aa  48.9  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.41 
 
 		 169 aa  48.5  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  26.9 
 
 		 174 aa  47.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  28.97 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30 
 
 		 177 aa  46.6  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5885  predicted protein  34.15 
 
 		 199 aa  45.1  0.0005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  48.21 
 
 		 178 aa  45.1  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  48.21 
 
 		 178 aa  45.1  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0878  hypothetical protein  20 
 
 		 154 aa  45.1  0.0006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  29.93 
 
 		 174 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0913  signal peptidase I  34.83 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0872445  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  31.91 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  28.08 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4719  signal peptidase I  30.68 
 
 		 389 aa  42.4  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.898955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6803  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.99 
 
 		 169 aa  42.4  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  33.33 
 
 		 184 aa  42  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.51 
 
 		 188 aa  41.6  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2322  hypothetical protein  35.62 
 
 		 198 aa  41.2  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0661618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2655  hypothetical protein  34.72 
 
 		 196 aa  40.8  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.364147  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>