86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1488 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  100 
 
 		 195 aa  377  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  89.74 
 
 		 195 aa  318  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  89.74 
 
 		 195 aa  318  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  84.1 
 
 		 195 aa  315  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  88.72 
 
 		 195 aa  313  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  88.21 
 
 		 195 aa  309  1e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  81.54 
 
 		 195 aa  305  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  82.47 
 
 		 199 aa  303  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  77.95 
 
 		 195 aa  298  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  80.9 
 
 		 199 aa  295  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  77.27 
 
 		 203 aa  285  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  75.77 
 
 		 199 aa  279  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  79.38 
 
 		 199 aa  277  8e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  81.97 
 
 		 203 aa  269  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  76.88 
 
 		 191 aa  267  7e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  70.1 
 
 		 195 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  75.86 
 
 		 174 aa  261  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  80.25 
 
 		 199 aa  258  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  75.86 
 
 		 203 aa  248  6e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  68.48 
 
 		 183 aa  226  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  58.67 
 
 		 177 aa  169  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  45.51 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  41.32 
 
 		 181 aa  127  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  42.6 
 
 		 181 aa  124  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  44.38 
 
 		 173 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  41.4 
 
 		 181 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  40.46 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  44.74 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  41.03 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  38.73 
 
 		 181 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  42.2 
 
 		 186 aa  115  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  40.38 
 
 		 180 aa  114  6.9999999999999995e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  41.18 
 
 		 181 aa  111  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  41.94 
 
 		 181 aa  111  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  41.94 
 
 		 181 aa  111  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  43.62 
 
 		 209 aa  111  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  44.3 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  38.51 
 
 		 181 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  43.03 
 
 		 196 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  37.29 
 
 		 310 aa  105  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  43.84 
 
 		 147 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  39.35 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  37.89 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  37.21 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  43.31 
 
 		 199 aa  100  9e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  35.88 
 
 		 171 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  38.1 
 
 		 163 aa  99.8  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  40.67 
 
 		 179 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  35.9 
 
 		 200 aa  99.8  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  40 
 
 		 181 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  35.39 
 
 		 186 aa  99.4  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  38 
 
 		 181 aa  99.4  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  33.91 
 
 		 188 aa  98.2  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  36.97 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  37.09 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  36.17 
 
 		 175 aa  90.1  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  36.47 
 
 		 201 aa  90.5  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  42.86 
 
 		 172 aa  88.2  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  39.33 
 
 		 176 aa  86.3  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  34.67 
 
 		 181 aa  85.9  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  35.33 
 
 		 168 aa  85.9  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  32.93 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  38.56 
 
 		 177 aa  73.2  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  30.92 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  32.52 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  39.62 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.08 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  28.99 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.71 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.71 
 
 		 169 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  36.79 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  36.79 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.81 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  35.48 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  27.54 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  28.33 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  27.54 
 
 		 181 aa  52.4  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.02 
 
 		 176 aa  49.3  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  32.03 
 
 		 207 aa  48.5  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  38.96 
 
 		 174 aa  47.4  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  27.73 
 
 		 272 aa  45.4  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.47 
 
 		 188 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  36.17 
 
 		 184 aa  45.1  0.0006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  28.25 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  29.23 
 
 		 189 aa  42.4  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0373  putative pilus assembly protein, TrhF  28.57 
 
 		 186 aa  41.2  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340521  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>